Le Galápagos sono state scoperte in modo casuale il 10 marzo 1535, quando Tomás de Berlanga, vescovo di Panama, si mise in mare verso il Perù per dirimere una disputa tra Francisco Pizarro e i suoi luogotenenti dopo la conquista dei territori degli Inca. La nave si trovò in una zona di bonaccia e le correnti marine la portarono alla deriva fino alle isole. Nel rapporto che fece successivamente all'imperatore Carlo V, Berlanga descrisse l'aspetto arido e desertico delle isole e le loro tartarughe giganti. Scrisse inoltre delle iguane marine, dei leoni marini e di numerose specie di uccelli. Notò anche l'insolita mitezza degli animali.

All'epoca dell'avvistamento le isole erano disabitate. Thor Heyerdahl nel 1963 raccontò di avervi trovato frammenti di vasellame di origine sudamericana che facevano pensare a un precedente contatto umano; un'ipotesi che tuttavia appare ancora controversa. L'arcipelago divenne poi nascondiglio dei pirati inglesi che intercettavano i galeoni spagnoli diretti verso la madrepatria carichi dell'oro e dell'argento sudamericani.

Le isole Galápagos compaiono per la prima volta in mappe nel 1570, nelle carte disegnate da Abraham Ortelius e da Mercatore, con il nome di insulae de los Galopegos, ossia "isole delle tartarughe".

Il primo inglese che visitò le isole fu Richard Hawkins, nel 1593. Molti famosi pirati da allora vi transitarono.

Alexander Selkirk, l'uomo le cui traversie nelle isole dell'arcipelago Juan Fernández ispirarono il Robinson Crusoe di Daniel Defoe, visitò le Galápagos nel 1708 dopo che venne soccorso dal corsaro Woodes Rogers. Rogers approdò alle isole Galápagos per riparare le sue navi dopo il saccheggio di Guayaquil.

La prima missione scientifica alle Galápagos giunse nel 1790 al seguito del capitano Alessandro Malaspina, la cui missione era stata finanziata dalla Corona di Spagna. I rapporti della sua missione sono però andati perduti.

Nel 1793 James Collnet fece una descrizione della flora e della fauna delle Galápagos e suggerì che le isole potevano essere usate come base d'appoggio per i balenieri dell'Oceano Pacifico. Disegnò anche le prime accurate carte nautiche delle isole. I balenieri catturarono e uccisero migliaia di tartarughe per estrarne il grasso, inoltre venivano portate anche sulle navi come riserva di carne, dal momento che potevano sopravvivere per mesi senza cibo né acqua. La caccia alle tartarughe ne ridusse notevolmente la popolazione e fece estinguere alcune specie. Ai balenieri si aggiunsero poi anche i cacciatori di foche, che portarono anche questo animale sull'orlo dell'estinzione.

L'Ecuador annetté l'arcipelago delle Galápagos il 12 febbraio 1832 nominandolo Archipelago del Ecuador. Il primo governatore delle isole, il generale José de Villamil, mandò un gruppo di detenuti a popolare l'isola di Floreana e nell'ottobre del 1832 a loro si aggiunsero alcuni artigiani e agricoltori.

Il naturalista britannico Charles Darwin fu il primo a eseguire uno studio scientifico delle isole. Nel suo viaggio in giro per il mondo a bordo della Beagle, che durò dal 1831 al 1836, Darwin raggiunse le Galápagos il 15 settembre 1835. Qui si trattenne per circa cinque settimane, fino al 20 ottobre, studiando la geologia e la biologia di quattro isole. Le sue osservazioni sulle variazioni specifiche dei fringuelli locali, diversi da isola a isola, gli fornirono la prima ispirazione per delineare la teoria della selezione naturale, che descrisse nel suo saggio L'origine delle specie.

José Valdizán e Manuel Julián Cobos avviarono una seconda colonia inaugurando lo sfruttamento di Roccella portentosa, un lichene autoctono utilizzato come colorante. Dopo l'omicidio di Valdizán a opera di alcuni suoi operai, Cobos portò dal continente un gruppo di oltre cento lavoratori all'isola di San Cristobál per tentare la fortuna avviando una piantagione di canna da zucchero. Diresse la piantagione con un pugno di ferro che portò al suo omicidio nel 1904. Nel frattempo, nel 1897, un'altra piantagione veniva avviata a Isabela da Antonio Gil.

A partire dal settembre 1904 una spedizione dell'Accademia delle Scienze della California guidata da Rollo Beck rimase sulle isole per un intero anno raccogliendo materiale scientifico riguardante la geologia, l'entomologia, l'ornitologia, la botanica, la zoologia e l'erpetologia. Un'altra spedizione della stessa accademia fu compiuta nel 1932 (la spedizione di Templeton Crocker) per raccogliere insetti, pesci, conchiglie, fossili, uccelli e piante.

Durante la seconda guerra mondiale l'Ecuador autorizzò gli Stati Uniti a impiantare una base navale sull'isola di Baltra e alcune stazioni radar in altre locazioni.

Un carcere è stato realizzato su Isabela nel 1946, poi chiuso nel 1959.

 Due Anas platyrhynchos Anatre - Puerto Ayora- Galápagos.