Il forte venne costruito da Rawal Jaisal nel 1156. Jaisal cospirò con il sultano di Gaur per cacciare il proprio nipote Bhojdev dal suo territorio. L'altro importante evento del forte avvenne nel 1276 quando il re Jetsi rafforzò il forte contro l'invasore sultano di Delhi. I 56 bastioni erano presidiati da 3.700 soldati. Dopo otto anni di invasioni e di assedio, l'esercito del sultano riuscì a violare e distruggere il castello. Bhatis prese il controllo del forte, ma non ebbe modo di ripararlo. Nel 1306, Dodoo fu eletto Rawal per il suo coraggio dimostrato nell'espellere i Rathor. Egli, successivamente, iniziò i lavori di riparazione e rafforzamento del forte.

Durante il periodo medievale, la posizione della città lungo la via della seta, fece di Jaisalmer il maggior centro del commercio internazionale, e vennero costruiti grandi magazzini e depositi. Ciò, facilitò gli scambi e il commercio con la Persia, l'Arabia, l'Egitto, l'Africa e la Cina. L'offerta di tali servizi, per i quali il commercio richiedeva affidabilità e sicurezza, fece del forte una grande potenza.

Il forte è protetto da tre cinte murarie. Quella esterna è realizzata in blocchi di pietra e rafforza il terreno della collina Trikuta. La seconda, o mediana, serpeggia attorno al forte. Dalla più interna, i guerrieri Rajput scagliavano acqua, olio bollente o massicci blocchi di roccia sui loro nemici, che venivano intrappolati tra la seconda e la terza muraglia. Le difese del forte comprendono 99 bastioni, dei quali 92 sono stati costruiti tra il 1633 e il 1647.

Ala-ud-din II di Delhi attaccò ed espugnò il forte nel XIII secolo e lo tenne per nove anni. Durante l'assedio le donne Rajput fecero Jauhar. La seconda battaglia al forte avvenne nel 1541, quando l'imperatore Moghul Humayun attaccò il forte. Il Rawal venne quindi travolto dai ripetuti assalti degli imperatori Moghul e, alla fine, accettò di parlamentare con Akbar, il successore di Humayun, nel 1570, offrendo sua figlia in sposa all'imperatore.[1]

Il forte rimase sotto il controllo Moghul fino al 1762, quando Maharawal Mulraj ne prese il controllo. A causa della sua posizione isolata, sfuggì alle devastazioni dei Maratha. Il trattato tra la Compagnia delle Indie Orientali e Mulraj, del 12 dicembre 1818, permise a questi di mantenere il controllo del forte e la protezione dalle invasioni. Dopo la morte di Mulraj, nel 1820, suo nipote Gaj Singh assunse il comando del forte.[1]

Con l'avvento del Raj Britannico, l'emergere del commercio marittimo e la crescita del porto di Bombay portarono al graduale declino economico di Jaisalmer. Dopo l'indipendenza dell'India, l'antica via commerciale venne totalmente chiusa, determinando così il destino della città. Tuttavia, la continua importanza strategica di Jaisalmer è stata dimostrata durante le guerre del 1965 e del 1971 tra India e Pakistan. Anche se a un certo punto l'intera popolazione di Jaisalmer viveva all'interno della fortezza, oggi in essa risiedono circa 4.000 persone che appartengono in gran parte alle comunità dei bramini e Daroga. Sono per lo più discendenti dei governanti Bhati di Jaisalmer, ai quali è stato permesso di risiedere all'interno della fortezza.[2] Con l'incremento della popolazione, la gente si è spostata pian piano ai piedi della collina Trikuta e la città di Jaisalmer si è espansa fuori dal forte.