Prima dei Kachwaha, Amer era una piccola località costruita dalla tribù dei Meena nella città che avevano consacrato ad Amba, la dea madre, che chiamavano Gatta Rani o regina del passo.[1] Si crede che il forte sia stato costruito, per la prima volta, da Raja Man Singh nel 967.[2] Nella struttura attuale, venne costruito sui resti di questa prima struttura durante il regno di Raja Man Singh, il re Kachwaha di Amber.[1][3] La struttura fu molto ampliata dal suo successore Jai Singh I. Anche in seguito, forte Amber ha subito migliorie e aggiunte da parte dei governanti successivi nel corso dei seguenti 150 anni, fino a quando il Kachwaha spostò la capitale a Jaipur durante il regno di Sawai Jai Singh II, nel 1727.[4][1][5]

Secondo Tod in passato era nota come Khogong. Il re Meena, Raja Ralun Singh anche noto come Alan Singh Chanda di Khogong, di animo gentile, adottò una madre Rajput, con il suo bambino, che si era rifugiata nel suo regno. Successivamente, il re Meena inviò il ragazzo, Dhola Rae, a Delhi per rappresentare il regno Meena. Il Rajput, in segno di ingratitudine per questi favori, tornò con dei cospiratori Rajput e massacrò il disarmato Meena nel Diwali mentre pregava Pitra Trapan, poiché era usanza tra i Meena di recarsi disarmati a pregare. Così conquistò Khogong. Questa azione del Kachwaha Rajput è stata definita come la più vile e vergognosa nella storia del Rajasthan.

La prima struttura Rajput venne iniziata da Raja Kakil Dev, quando Amber divenne la sua capitale nel 1036, sul sito dell'attuale forte Jaigarh. Gran parte degli edifici attuali di Amber vennero costruiti o ampliati durante il regno di Raja Man Singh I negli anni 1600. Fra gli edifici principali da lui realizzati occorre ricordare il Diwan-i-Khas nel palazzo Amber e l'elaborata e decorata Ganesh Poll costruita da Mirza Raja Jai Singh I.[2]

L'attuale palazzo Amber, venne costruito nel tardo XVI secolo, come palazzo più grande rispetto a quello già esistente. Il palazzo vecchio, noto come Kadimi Mahal è noto per essere il palazzo più antico sopravvissuto in tutta l'India. Questo antico palazzo si trova nella valle retrostante il Palazzo Amber.

Durante il periodo medievale Amer era nota come Dhundar (significato attribuito a un monte sacrificale nelle frontiere occidentali) e governata dai Kachwaha dall'XI secolo in poi – tra il 1037 e il 1727, fino a quando la capitale venne spostata a Jaipur.[6] La storia di Amer è indelebilmente legata a questi regnanti poiché essi fondarono il loro impero in questo luogo.[7]

Molte delle antiche strutture del periodo medievale dei Meena sono state distrutte o sostituite. Tuttavia, l'imponente palazzo del XVI secolo e il complesso del palazzo costruito all'interno di esso dal maharaja Rajput, sono molto ben conservati.[1][5]