La popolazione degli Itza abbandonò la regione dello Yucatán nel tredicesimo secolo e costruì la città che venne chiamata Noh Petén, cioè letteralmente "città isola". Era conosciuta anche con il nome di Tah Itzá (Luogo degli Itzá), da cui deriva il nome Tayasal tramandatoci dagli spagnoli.

Questa città e i territori circostanti, sull'isola di Flores e sulle coste del lago Petén Itzá, costituirono l'ultimo territorio Maya indipendente durante le conquiste spagnole. Nel 1541 Hernán Cortés giunse sull'isola nella sua esplorazione verso l'Honduras, ma il suo incontro con il re Canak fu pacifico e non ne tentò la conquista.

Gli spagnoli conquistarono l'isola nel 1697. Come in molte altre località, gli spagnoli demolirono le costruzioni precedenti, considerati 'pagani', e ricostruirono la città secondo schemi europei.

Molti Itzá si rifugiarono nelle foreste circostanti e probabilmente fondarono una nuova città. Ne derivò il mito di una città Maya 'perduta' nella foresta. Alcuni studiosi ritengono che questa città sia El Mirador, situata vicino all'attuale confine con il Messico.