La città venne fondata, secondo la tradizione, sin dal VII secolo a.C.[1] da mercanti cartaginesi in un luogo abitato da popolazioni berbere, che è davanti alle Isole Canarie. Ben presto la città divenne uno scalo commerciale sulla rotta verso il Golfo di Guinea e verso il III secolo a.C. fu ripresa dai berberi che vi instaurarono una monarchia.

In seguito alla terza guerra punica il regno berbero di Essaouira entrò nell'orbita commerciale romana basandosi sull'industria della salagione e sulla tintura a base di porpora, ma perse la sua indipendenza nel 42 d.C., quando venne annessa alla provincia romana della Mauretania tingitana (da Tingis, antico nome di Tangeri).

Parecchi secoli dopo la conquista araba, avvenuta nel VII secolo, la città si riprese dal suo lungo torpore quando venne riscoperta dai marinai portoghesi, che si installarono in città ribattezzandola Mogador (derivato da Sidi Mogdoul wali locale). L'arrivo degli europei coincise con la fioritura della comunità ebraica, i cui componenti negli anni divennero intermediari politici e commerciali tra il sultano e le potenze straniere.

Nel 1764, il sultano Muhammad III del Marocco decise di fare di Essaouira una base navale fortificata e chiamò pertanto l'architetto militare francese Théodore Cornut a ridisegnare la città. In tre anni i lavori stravolsero l'impianto urbanistico della vecchia Mogador per creare una città moderna di stampo europeo, con un largo viale centrale a portici e dritte vie trasversali; il tutto fu rinchiuso in una poderosa cinta di mura. Alla sua planimetria perfettamente regolare la città deve il suo nome attuale: «la ben disegnata».

Fino alla prima metà del XIX secolo Essaouira vide crescere sempre più la sua importanza e la città godette di una formidabile prosperità grazie anche alla numerosa comunità ebraica, il cui numero era superiore a quello dei musulmani. Per anni unico porto marocchino aperto al commercio estero, Essaouira divenne un importante scalo marittimo dove venivano imbarcate le merci giunte in città attraverso le vie carovaniere.

Il declino di Essaouira divenne rapido con l'instaurazione del Protettorato francese del Marocco (1912) e con lo sviluppo di altri porti (Casablanca, Tangeri e Agadir). Finita al margine delle rotte marittime a causa delle sue acque poco profonde, la città è rapidamente risorta negli ultimi cinquant'anni, grazie al turismo ma anche alla sua vocazione culturale e musicale.

A conferma del cosmopolitismo di Essaouira nel XIX secolo sono stati costruiti antichi cimiteri musulmani, ebraici e cristiani affacciati sull'oceano.