La costruzione di El Tajín iniziò intorno al primo secolo e raggiunse il suo apice nella tarda età classica, dal 600 al 900. La Tajín dell'età classica mostra influenze portate dalla cultura di Teotihuacan, mentre la parte costruita nell'età post-classica mostra influenze tolteche. I lavori di costruzione continuarono fino all'inizio del XIII secolo, quando, secondo la tradizione, la città venne conquistata e bruciata dagli invasori Cicimechi. Il sito continuò ad essere popolato da un numero minore di abitanti, ma non si ebbero cambiamenti sostanziali nella struttura complessiva. Il luogo era già stato abbandonato completamente quando i conquistadores giunsero nel sedicesimo secolo.

Durante il 1785 l'ingegner Diego Ruiz visitò il luogo, allora ricoperto di vegetazione, e pubblicò per la prima volta una descrizione delle rovine. Nel XIX secolo venne visitato da Guillermo Dupaix, Alexander von Humboldt, e Carlos Nebel, pubblicando altri testi relativi alle strutture. I primi scavi archeologici vennero fatti da José García Payón tra il 1943 e il 1963. L'Istituto Messicano di Antropologia e Storia iniziò altri scavi negli anni ottanta e altre ispezioni del sito vengono tuttora eseguite.