La città di Clunia fu fondata su una collina non distante da un insediamento celtibero denominato Cluniaco o Kolounioukou, nome facente capo alla cultura degli Arévaco, una tribù preromana appartenente alla etnia delle popolazioni celtibere.

A Clunia il politico e militare romano Quinto Sertorio resistette ad un assedio durato 20 anni ad opera di Pompeo, che nel 72 a.C. distrusse tutto ciò che esisteva della città.

Diversi anni più tardi la città fu fondata di nuovo durante l'impero di Tiberio, all'interno della Provincia romana denominata Spagna Citeriore Tarragonese. Inizialmente essa fu eletta al rango di municipium, ed emise moneta propria in formati che rappresentavano i quattro dirigenti locali che costituivano il quadriumvirato ai cui comandi era la città.

In un certo momento tra gli imperi di Tiberio e di Claudio essa divenne sede di uno dei Legati Giuridici della Provincia di Tarragona, assumendo il ruolo di capitale della Giurisdizione Cluniense.

Clunia acquisì il rango di colonia romana assumendo la denominazione di Sulpicia in quanto in essa si autoproclamò imperatore il generale Servio Sulpicio Galba, che vi si rifugiò durante la rivoluzione anti-neroniana. Quivi egli fu raggiunto dalla notizia della morte di Nerone e di essere stato nominato Imperatore dai legionari (perciò alcuni storici aggiungono il nome di Galba alla denominazione della città).

Il definitivo riconoscimento dello stato di colonia romana è da attribuirsi all'imperatore Vespasiano. Ai tempi di Sulpicio Galba, Clunia fu la capitale dell'Impero.

Lo splendore della città romana di Clunia si estese durante i secoli I e II della nostra era, alla stessa stregua di altre città della Meseta Settentrionale, come Asturica Augusta o Iuliobriga, nelle province di León e della Cantabria, rispettivamente.
Durante il massimo del suo apogeo si calcola che la città di Clunia arrivò a contare oltre 30.000 abitanti.

Nel corso del III secolo si verifica un decremento della popolazione collegato alla crisi di tale secolo ed alla incipiente decadenza dell'Impero Romano d'Occidente. Esistono evidenti riscontri di incursioni barbariche a Clunia.

Inoltre, è storicamente certo che alla fine del terzo secolo la città fu incendiata ad opera dei Barbari, per l'esattezza ad opera di popolazioni franco-germaniche. Questo contribuì alla inesorabile decadenza della città. Ciononostante, pare che non si trattò di una distruzione violenta e generalizzata, tuttavia fu il preludio della fine della influenza della cultura romana nella città di Clunia e nel territorio ad essa circostante.

Durante la conquista della Spagna Visigota da parte dei Mori, la città ed i suoi dintorni furono conquistati dalle truppe del generale berbero Ṭāriq ibn Ziyād intorno all'anno 713.

Più tardi, i cristiani la rioccuparono nel 912, ricostruendo la città nel luogo occupato attualmente da Coruña del Conde, località da cui si possono contemplare i notevoli resti romani della città di Clunia.

In seguito, si ricostituì la popolazione di Peñalba de Castro che riscattò la meseta dell'enclave di Clunia in cambio di acqua in un'epoca in cui il valore dell'acqua era molto più prezioso dei pochi resti ancora non interrati che testimoniavano della città romana abbandonata.