Nel giugno del 1789 Nguyễn Ánh salì al trono del Vietnam unificato e si autoproclamò imperatore Gia Long con Huế, la città natale dei Nguyen, come capitale. I geomanti furono consultati nell'indicare il sito propizio per la nuova città e la costruzione iniziò nel 1804. A migliaia di operai fu ordinato di costruire la cittadella murata e il fossato ad anello che la circonda, lungo circa 10 chilometri. Le opere in terra originali furono successivamente rinforzate e rivestite con mattoni e pietra andando a formare bastioni spessi due metri.[1]

La cittadella venne costruita perpendicolare al fiume dei Profumi sul lato sudest, a differenza della città proibita di Pechino che è costruita su un asse nord-sud. Il palazzo imperiale, invece di trovarsi al centro di anelli concentrici, è spostato verso il lato più vicino al fiume e circondato da una seconda cinta muraria. All'interno di queste mura si trovano una serie di cortili, palazzi e padiglioni. Il complesso fu la sede del potere imperiale dalla sua costruzione all'imposizione del protettorato francese negli anni 80 dell'800. Successivamente rimase il centro simbolico della monarchia fino alla fine della dinastia Nguyen nel 1945 e la proclamazione della Repubblica democratica del Vietnam.

Gravi danni si verificarono nel 1947 quando il Việt Minh conquistò la Cittadella a febbraio. Il contrattacco delle truppe francesi mise sotto assedio la città e nella battaglia di sei settimane che ne seguì molte delle principali strutture andarono distrutte. Il nucleo della città, incluso il Palazzo imperiale, finì divorato dalle fiamme.[2]

La cittadella fu nuovamente teatro di duri scontri durante la guerra del Vietnam. All'alba del 31 gennaio 1968, nell'ambito dell'offensiva del Tet, forze dell'esercito nordvietnamita e Vietcong occuparono gran parte della città di Huế, inclusa la cittadella. Durante le fasi iniziali del contrattacco statunitense, noto come battaglia di Huế la cittadella non venne bombardata o bersagliata dall'artiglieria ma con l'inasprirsi degli scontri queste restrizioni vennero progressivamente eliminate, risultando in pesanti bombardamenti dell'intero complesso e combattimenti casa per casa. Alla fine della battaglia, conclusasi il 3 marzo successivo, dei 160 edifici della cittadella solo 10 erano ancora in piedi, tra cui i templi di Thái Hòa, Cần Thanh, Thế Miếu e Hiển Lâm Các. Nel 1993 la città venne iscritta nella lista dei siti patrimonio dell'umanità dall'UNESCO, dando il via ad una serie di lavori di ristrutturazione tuttora in corso.