Le catacombe di San Paolo sono un sito archeologico di Malta.

Le catacombe si trovano a Rabat e le loro stanze venivano utilizzate per i rituali di sepoltura dei primi cristiani. La realizzazione dell'ipogeo, però, è di molto anteriore in quanto risale al terzo o quarto secolo a.C. e ospitano un gran numero di cripte per più dei 2000 m² della loro estensione. Parte del sito è stato adibito nel 1200 circa, durante la ricristianizzazione dell'isola, a santuario cristiano decorato con dei dipinti alle pareti. Nel 1894, le catacombe sono state oggetto di un intervento di ripulitura e di studio.