Recenti scavi hanno provato l'esistenza di insediamenti nella zona di Annecy risalenti al 3100 a.C.

Le prime notizie storiche si hanno in epoca romana, nel quale, attorno all'anno 50 a.C. si ha notizia di un vicus di circa 2.000 anime definito con il nome di Boutae nella pianura dei Fins del quale ancora restano tracce sufficienti per poter risalire all'ubicazione del foro, della basilica, delle terme (visibili in Avenue des Romains) e del teatro.

Questo insediamento aveva una forma triangolare derivata dal fatto che si era sviluppato alla convergenza di tre assi stradali, ciascun dei quali diretto rispettivamente verso Faverges (Casuaria), Aix-les-Bains (Aquae) e Ginevra (Geneva).

Nel VI secolo Boutae, viene pressoché abbandonata e solo a partire dal XII secolo vive una nuova fase di rilancio demografico con l'occupazione delle rive del Thiou in prossimità del lago. Questa posizione era vantaggiosa per il superamento del fiume, data la vicina presenza dell'isola e quindi fu proprio in questo luogo che si instaurò una signoria.

Nasce così un insediamento protetto da fortificazioni che costituisce il nucleo originario del castello medievale. Questo nucleo aveva il nome di Annecy-le-Neuf (1107).

Luogo che crebbe di importanza tanto di diventare la residenza del conte di Ginevra fin quando lo stesso, nel XIII secolo, venne espulso in seguito a gravi conflitti con i vescovi.

Dopo l'estinzione della famiglia di Ginevra nel 1394, il cui ultimo rappresentante fu Roberto di Ginevra, divenuto antipapa col nome di Clemente VII, la contea fu integrata nei possedimenti della Casa Savoia nel 1401 passando sotto l'autorità di Amedeo VIII, primo Duca di Savoia. Nel 1444, la città fu eretta ad appannaggio dei principi di Savoia, e Annecy (allora denominata Ennèsia) divenne capitale dei loro possedimenti del Ginevrino, del Faucigny e del Beaufortain.

Al declino succeduto alla chiusura della felice parentesi che la vide capitale del ginevrino, si aggiunse la desolazione causata da una serie di incendi che distrussero gran parte della città, da quello del 1412 a quello del 1448. Amedeo VIII si attivò per far sì che la città si risollevasse e diede il via alla ricostruzione del castello e di parte della città andata distrutta. Con il passaggio dell'appannaggio a Filippo (1444), figlio di Amedeo, l'attaccamento dei Savoia è confermato e Annecy rinacque da una lunga crisi riproponendosi come la capitale di un territorio che comprende Ginevrino, Faucigny e Beaufortin.

I reali di Francia, coi quali nel frattempo vennero intrecciate parentele, consegnarono ai principi di Savoia, il ducato di Nemours (vicino a Fontainebleau), conferendo loro il titolo di duchi del Ginevrino-Nemours.

È sempre in questi anni che Annecy divenne sede episcopale in concomitanza con l'improvvisa partenza del vescovo di Ginevra che preferì abbandonare la propria città alla vigilia della Riforma protestante (1535).

Nel corso della breve guerra franco-savoiarda, il 5 ottobre 1600, Annecy venne occupata da Enrico IV, ma tornò pochi mesi dopo, con il trattato di Lione, al ducato di Savoia.

Annecy accolse a partire dal 1592 numerosi ordini religiosi cattolici in fuga, divenendo la capitale della Controriforma guidata da Francesco di Sales. Giunsero qui i capuccini nel 1592, le visitandine nel 1610, i barnabiti nel 1614, le annunziate di San Claudio nel 1638, i bernardini riformati nel 1639, i lazzaristi nel 1641, i cistercensi di Bonlieu nel 1648. La presenza religiosa era dunque molto importante ad Annecy, contando tredici case religiose per 5000 abitanti. La metà della città apparteneva a diversi ordini religiosi, proprietari non solo di chiese e conventi, ma anche di laboratori, mulini e di vaste terre e boschi.[1] Questi ordini religiosi, che avevano la cura della formazione giovanile e degli ospedali per malati e poveri, davano lavoro agli artigiani e ai commercianti locali.

In questo contesto la tenuta di Annecy ebbe un significato talmente rilevante, da farla definire "la Roma della Savoia".

È questo il periodo più fortunato nella storia di Annecy, come testimoniano i tanti monumenti che ancora oggi si possono ammirare e che risalgono a questi anni.

Durante la Rivoluzione francese e l'età napoleonica, la città fu unita al nuovo dipartimento del Monte Bianco, il cui capoluogo era Chambéry, ma con la Restaurazione ritornò a fare parte del Regno di Sardegna.

Dopo i venti rivoluzionari il fervore cattolico e la centralità della Chiesa diminuirono drasticamente e l'industrializzazione ebbe un'accelerazione notevole, anche grazie allo sfruttamento dell'energia idraulica ricavata dal corso del fiume Thiou.

Del periodo rivoluzionario è da segnalare positivamente il piano urbanistico redatto da Thomas-Dominique Ruphy che, nel 1794, ridisegnò l'assetto della città prevedendo un'ampia rete stradale inserita nei grandi assi di circolazione, preservando opportunamente il quartiere storico.

Nel 1860, dopo l'annessione della Savoia alla Francia, Annecy divenne capoluogo del nuovo dipartimento dell'Alta Savoia.

Dalla metà del XIX secolo, una sempre più crescente sensibilità nei confronti dei siti alpestri aprì la città al turismo, che è oggi un'attività di primaria importanza per tutto il comprensorio.