Le origini di Akrotiri vengono poste nel periodo antico cicladico (II-III). Durante il passaggio dall'antica alla media età del bronzo (3000 a.C. – 1550 a.C.) Akrotiri passa da insediamento costiero a importante città portuale come dimostrato dai reperti che evidenziano i contatti stretti e continui tra Thera e la Grecia continentale durante la media età del bronzo (2000 a.C. – 1550 a.C.). Akrotiri era diventata uno dei porti principali dell'Egeo. Ad oggi non è chiara la posizione del porto perché la linea costiera ha subito mutamenti durante il tempo, prima dell'eruzione del 1628 a.C., e il mare doveva trovarsi più nell'entroterra. La costa attuale è formata da elementi e pietre fuoriusciti dall'eruzione vulcanica del 1628 a.C. Il porto si sarebbe trovato in un punto circondato e protetto da colline, e potrebbe essere riconoscibile nell'affresco della flotta nella casa Occidentale[1]

L'Akrotiri del tardo cicladico I è quella ricostruita dopo il terremoto. Il fatto che non siano stati ritrovati scheletri tra le rovine sta a indicare il fatto che gli abitanti, avvertiti da scosse che avevano preceduto il terremoto distruttivo, si erano resi conto dell'imminente disastro ed erano fuggiti nella campagna aperta. Il terremoto poi deve essere stato seguito da un periodo di calma prima dell'eruzione vulcanica definitiva, forse qualche mese, durante il quale gli abitanti erano tornati alla città ed avevano ristrutturato o demolito gli edifici danneggiati. La nuova città si presentava più grande rispetto alla precedente, alcune case furono ristrutturate, altre demolite, altre ancora costruite ex novo, mantenendo comunque la vecchia mappa della città. Sono stati ritrovati molti utensili e strumenti per la ristrutturazione e la demolizione. Nella casa Occidentale sono stati ritrovati due cestini di argilla pieni di malta fresca per l'intonaco dei muri, ciò sta a indicare che improvvisamente durante la ristrutturazione accadde qualcos'altro, il vulcano cominciò ad eruttare. La fiorente civiltà di Thera era al suo massimo quando sopraggiunse l'eruzione vulcanica distruttiva del 1628 a.C. Anche questa volta gli abitanti avvisati da avvenimenti precedenti come fumi e gas, erano fuggiti portando con sé le cose di valore. La seconda evacuazione fu l'ultima. Poco dopo infatti l'intera isola fu ricoperta da un sottile strato di 3 centimetri di pomice sulla quale deve essere piovuto, fissandola. Dopo un periodo che può esser andato da qualche mese a due anni, il vulcano cominciò a eruttare pomice grande anche 15 cm di diametro. La fase finale dell'eruzione fu costituita dall'eruzione di ceneri vulcaniche che ricoprirono il sito fino anche a 5 metri di spessore. Alla fine anche colossali massi di basalto furono eruttati insieme alla cenere, urtando la città in modo significativo come è accaduto per la Xestè 4 dove sono state ritrovate queste rocce. Grazie a queste polveri e ceneri vulcaniche si sono conservati reperti o negativi di questi. Il vuoto che si era creato sotto alla struttura del vulcano causò il collasso della parte centrale dell'isola creando la caldera. Non è provabile archeologicamente se accadde immediatamente dopo l'eruzione, ma sicuramente il collasso non avvenne prima, dato che sono state ritrovate rovine proprio sulla scogliera attuale, e alcune costruzioni ritrovate a Balos da H. Mamet e Gorceix sono addirittura spezzate a causa del collasso delle pareti della caldera su cui poggiavano. L'eruzione di Santorini durante l'età del bronzo è l'unica eruzione vulcanica associata ad un civilizzazione. Sono passati almeno due secoli prima che l'isola fosse riabitata.[1]