In origine gli abitanti vivevano di pesca, caccia e della produzione del sale, prodotto in numerose piccole paludi salate situate lungo la riva del mare. Nel Medioevo tutta la regione era sotto il controllo dei monaci dell'abbazia di Psalmodie. Nel 1240 Luigi IX di Francia, con l'obiettivo di ottenere per il suo regno uno sbocco sul Mediterraneo, ottenne dall'abbazia, grazie ad uno scambio, il controllo del villaggio e delle terre circostanti; insieme ottenne anche il controllo delle imposte sulla produzione del sale.

Luigi IX fece costruire una strada di accesso tra le paludi ed una torre, la Tour Carbonnière, con funzioni di vedetta e controllo di accesso al villaggio. In seguito, tra il 1242 e il 1248, fece costruire una torre di maggiori dimensioni, la torre di Costanza (tour Constance), e un castello, oggi scomparso, sulle rovine dell'antica torre Metafère, con lo scopo di proteggere la città e il suo nascente porto e alloggiare la guarnigione. I lavori vennero affidati al deposto capitano del popolo di Genova Guglielmo Boccanegra, che nella città era già stato console ed era destinato a divenirne amministratore per conto del re e nella quale aveva diversi interessi economici, ed al connazionale di lui, Andrea Cominelli.

Nel 1272 Filippo, figlio e successore di Luigi IX, fece loro erigere una cinta fortificata intorno alla città. I lavori di costruzione della cinta terminarono 30 anni dopo. Fu dal porto di Aigues-Mortes che Luigi IX salpò due volte per partecipare alla settima crociata, nel 1248, ed alla ottava crociata, nel 1270, su flotte interamente armate dai genovesi. Da questi fatti deriva la credenza popolare che in epoca medievale Aigues-Mortes fosse direttamente sul mare. In effetti il porto, oggi parzialmente interrato, si trovava nello stagno della Marette ed era collegato al mare dal Canal-Viel.

Nel 1481, con la riunificazione della Provenza con il regno di Francia, la città perse la sua importanza come sbocco sul mare e il suo porto fu surclassato da quello di Marsiglia. Nel 1538 fu sede dell'incontro tra l'imperatore Carlo V e Francesco I, re di Francia. Nel 1685, dopo la revoca dell'Editto di Nantes, il complesso della torre di Costanza e delle mura di Aigues-Mortes divennero una grande prigione per gli ugonotti.

  Lo stesso argomento in dettaglio: Massacro di Aigues-Mortes.

Nell'agosto del 1893 Aigues-Mortes fu teatro di uno scontro tra operai francesi e italiani, tutti impiegati nelle saline di Peccais, che ben presto degenerò in un vero e proprio pogrom contro gli italiani. Il numero finale delle vittime non fu mai accertato con sicurezza; si va da un minimo di 9 morti, secondo le stime ufficiali riportate dalla stampa francese, alle 50 vittime di cui parlò il Times di Londra. Altre fonti riportano un numero molto più elevato.[1] Secondo alcune fonti si arriva a 400 vittime.[2] La tensione che ne seguì fece sfiorare la guerra tra i due paesi.[3]