Lo stesso argomento in dettaglio: Sultanato di Agadez.

La città fu fondata prima del XIV secolo e divenne gradualmente la più importante città Tuareg, superando Assodé grazie al commercio trans-sahariano. La città è tuttora interessata dal traffico di carovane che trasportano sale da Bilma.

Nella prima metà del XV secolo Agadez divenne capitale del sultanato omonimo e, attorno al 1515, fu conquistata dall'Impero Songhai.[1] A quell'epoca la città aveva una popolazione di circa 30,000 persone e costituiva un passaggio cardine per le carovane che commerciavano tra le città dell'Africa occidentale di Kano e Timbuktu e le oasi dell'Africa del nord di Ghat, Gadames, oltre che con Tripoli, sulla costa Mediterranea. Il declino iniziò dopo l'invasione del Marocco, quando la popolazione precipitò a meno di 10,000 abitanti.

La città fu presa dai francesi nel 1906, pur mantenendo una parvenza di autonomia, a cui seguì la feroce repressione di una ribellione guidata da Kaocen Ag Mohammed nel 1916.[2] Negli anni 1990 Agadez fu un importante centro della rivolta dei Tuareg.