Di wilayah kota bagian barat terdapat sejumlah makam kuno berukuran besar asal abad ke-5. Di antara makam kuno yang terletak di kota Nara adalah makam kuno Uwanabe yang membentuk gugus makam kuno Saki. Catatan sejarah tahun 710 menceritakan kepindahan ibu kota Jepang dari Fujiwara-kyō ke Heijō-kyō di wilayah kota yang sekarang dikenal sebagai Nara. Setelah itu, ibu kota Jepang mengalami beberapa kali perpindahan hingga akhirnya ibu kota berada Nagaoka-kyō. Setelah ibu kota pindah ke Nagaoka-kyō, kuil Tōdai-ji dan Kōfuku-ji di Nara tetap merupakan kekuatan politik yang berpengaruh, sehingga Nara disebut sebagai ibu kota selatan (Nantō).

Memasuki abad pertengahan, kuil Kōfuku-ji ditunjuk sebagai penjaga wilayah (shugo) Provinsi Yamato. Pada waktu itu, kuil Buddha dan Shinto di Nara memiliki tanah yang luas dalam sistem tuan tanah feodal, dan bertahan sebagai kekuatan politik. Dibandingkan dengan perannya pada masa damai, kuil-kuil di kota Nara justru merupakan kekuatan besar pada masa perang. Akibatnya, kuil-kuil di kota Nara berkali-kali menjadi sasaran pembakaran. Patung Buddha Agung di Tōdai-ji bahkan sempat hangus terbakar hingga dua kali.

Sepanjang zaman Muromachi hingga zaman Sengoku, kekuatan politik dan militer kuil-kuil di kota Nara berhasil ditekan oleh penguasa militer dari kalangan samurai. Di zaman Edo, Nara dijadikan wilayah kekuasaan langsung Keshogunan Tokugawa. Hingga sekarang, sisa-sisa peninggalan zaman Edo masih bisa dilihat di wilayah kota bernama Naramachi. Pada masa itu, bagian timur laut wilayah kota Nara disebut Yagyū-han, karena merupakan wilayah kekuasan (han) keluarga Yagyū.

Kota Nara bersama Kyoto tidak dibom oleh tentara Sekutu pada saat Perang Dunia II, yang menjadi alasan bahwa banyak situs bersejarah asli kota ini masih berdiri.