Setelah kematian Kaisar Meiji pada tahun 1912, Parlemen Jepang melayangkan resolusi untuk mengenang peran Sang Kaisar dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman bunga iris di area Tokyo di mana Sang Kaisar dan permaisurinya diketahui pernah datang berkunjung dipilih sebagai lokasi bangunan kuil. Konstruksi dimulai pada 1915, kuil ini dibangun dalam corak tradisional Nagarezukuri serta tersusun sebagian besar dari cemara jepang dan tembaga. Formalnya kuil ini diresmikan pada 1920, diselesaikan pada 1920, dan secara resmi tamannya selesai dibuat pada 1926. Sampai 1946, Kuil Meiji secara resmi dirancang oleh salah satu Kanpei-taisha (官幣大社), yaitu seseorang yang memiliki pangkat tertinggi dalam kuil yang disokong oleh pemerintah. Bangunan asli kuil hancur pada saat Serangan Udara Tokyo pada Perang Dunia II. Lalu kuil ini direkonstruksi kembali atas upaya dan dana dari publik yang selesai pada Oktober 1958.

Kuil Meiji dijadikan salah satu tempat kunjungan Menteri Luar Negeri Amerika Serikat Hillary Clinton pada 2009. Setelah tiba di Tokyo dalam kunjungan luar negeri pertamanya sebagai menteri luar negeri dan untuk mewakili presiden terpilih baru Amerika Serikat Barrack Obama, ia terlebih dahulu mengunjungi Kuil Meiji untuk bertemu dengan pemimpin Jepang sebagai gambaran penghormatannya terhadap sejarah dan kebudayaan Jepang. Pada Januari 2010 Menteri Luar Negeri Jerman Guido Westerwelle pun memperlihatkan pengormatan yang sama ketika ia memutuskan untuk mengunjungi kuil ini.