Sinagoga Tinggi (Bahasa Ceko: Sinagoga Vysoká) dibiayai oleh Mordechai Maisel, dan selesai pada tahun 1568, tahun yang sama dengan Kota Yahudi Aula. Mungkin modelnya mengikuti Sinagoga Tinggi, Kraków, yang dibangun pada tahun 1556 di Polandia. Rumah itu dirancang oleh P. Roder dalam gaya Renaissance (pembangun yang mengawasi adalah master Rada). Itu dirancang sebagai tempat berkhotbah untuk anggota dewan balai kota Yahudi. Di tengah ada bimah, dikelilingi tempat duduk. Mordechai Maisel memberikan potongan-potongan Taurat dan peralatan perak ke sinagoga. Langit-langit plesteran adalah kubah berusuk gothic.

Pada tahun 1689 itu dihancurkan oleh Api Besar. Sinagoga dibangun kembali.

Pada tahun 1883 sinagoga dibangun kembali oleh J. M. Wertmüller. Selama modifikasi ini fasad disederhanakan menjadi tampilan modern.

Pada tahun 1907 pintu masuk timur ditutup, dan pintu masuk baru dibuat menghadap Jalan Merah (Červená ulice).

Rekonstruksi lainnya dilakukan pada tahun 1961, 1974–79 dan 1982.

Selama pemerintahan Nazi dan komunis, sinagoga adalah bagian dari Museum Yahudi dan ada pameran buku-buku Ibrani kuno.