Candi Sambisari (bahasa Jawa: ꦕꦤ꧀ꦝꦶꦱꦩ꧀ꦧꦶꦱꦫꦶ, translit. Candhi Sambisari) ditemukan secara kebetulan oleh seorang petani ketika mencangkul tanah pada tahun 1966. Ketika ditemukan keadaannya sudah tertimbun oleh pasir dan bebatuan lahar Gunung Merapi sedalam 6,5 m. Ekskavasi yang dilakukan sejak tahun 1966 menghasilkan temuan penting yaitu arca Mahakala dan arca Nandiswara. Kedua arca ini telah hilang dari tempat seharusnya di relung barat, sebelah kanan dan kiri pintu masuk bilik candi induk. 7 (tujuh) peripih yang di dalamnya terdapat berbagai macam benda dari perunggu, dan lempeng emas berinskripsi om siwa sthana yang ditemukan di bawah umpak.

Selain itu ditemukan pula temuan berupa gerabah, keramik asing, Arca Avalokitesvara yang terbuat dari perunggu, arca dewi yang terbuat dari batu hitam, dan sebuah yoni. Berdasarkan hasil penelitian, temuan tersebut diduga bukan berasal dari Candi Sambisari.

Sejarah pendirian Candi Sambisari belum dapat diketahui secara pasti karena tidak adanya bukti yang konkret. Beberapa ahli berpendapat tentang pendirian candi. Berdasarkan segi arsitektur, R. Soekmono (dalam Soediman, 1980:166) menggolongkan Candi Sambisari ke dalam abad ke-8 M. Candi Sambisari digolongkan dalam babakan waktu antara ±730 800 M, sezaman dengan Candi Lumbung, Candi Gebang, dan Candi Batumiring. Berdasarkan batu isian yang digunakan berupa batu padas, pendirian Candi Sam-bisari diperkirakan semasa dengan Candi Prambanan, Plaosan, dan Sojiwan, yaitu sekitar abad ke-9-10 M (Soediman, 1980:166-7). Hal tersebut diperkuat dengan adanya temuan inskripsi pada lempengan emas berbahasa Sanskerta dan beraksara Jawa Kuna, berbunyi om siwa sthana yang artinya hormat, pembuatan tempat (rumah) bagi Dewa Siwa. Menurut Boechari inskripsi tersebut berasal dari sekitar abad ke-9 M (Soediman, 1980:162).

Pada tahun 1966-1975 dilakukan rekonstruksi sementara, pada tahun 1975/1976 - 1986/1987 dilakukan pemugaran, dan pada tahun 1987 dilakukan peresmian purna pugar Candi Sambisari.

Saat ini situs dikelola oleh Museum dan Cagar Budaya, Kementerian Kebudayaan Republik Indonesia.