Քաղաքը հայտնի է 11-րդ դարի առաջին կեսից։ Այն հիմնադրվել է մոտավորապես 1032 թվականին, որոշ ժամանակ անց դարձել է Տանգուտյան տերության կարևոր առևտրային կենտրոն։

Չինգիզ խանի կողմից գրավվել է 1226 թվականին։ Խորհրդային աղբյուրներում նշված է, որ քաղաքը ավերվել է, մինչդեռ ըստ տարբեր օտարերկյա աղբյորների` այն ոչ միայն ավերված չէր, այլև Մոնղոլական կառավարման օրոք նոր ծաղկում ապրած մի քանի տանգուտյան քաղաքներից մեկն էր։

Ըստ լեգենդների` քաղաքն ավերվել է 1372 թվականին, երբ Էդզինը, որը ղեկավարում էր «Խարա-Ցզյան-ցզյուն» կայազորը, շրջապատվել է չինական Մին դինաստիայի զորքերով, միևնույն ժամանակ, բնակիչների` քաղաքը լքելու պատճառներից մեկը կարող է լինել ջրի պակասը, որը առաջացել է արհեստականորեն ստեղծված ամբարտակի պատճառով[1]։

Խարա Խոտոյի` հեռավոր և անհասանելի դիրքի պատճառով 13-րդ դարի բազմաթիվ գտածոներ անձեռնխելի են մնացել, ներառյալ բաստիոններով և աշտարակներով կավաշեն պատեր, կրոնական բուդդայական (սուբուրգաններ) և տարբեր աշխարհիկ շինությունների ավերակներ (արհեստանոցներ, հյուրանոցներ, պահեստներ, կրպակներ, բնակելի տներ)։ Լավ պահպանման շնորհիվ հնարավոր է եղել կազմել քաղաքի օրինակելի պլանը և ապացուցել, որ այնտեղ եղել են ոռոգման ջրանցքների համակարգեր։ Հայտնաբերված իրերի շարքում, բացի բազմաթիվ ձեռագրերից, կան բուդդայական մշակույթի իրեր, չինական մետաղադրամներ, յուան թղթե փողեր (որոնք երբեմն անվանում են պատմության մեջ առաջինը), տարբեր գյուղատնտեսական և արհեստագործական գործիքներ։