Մինչ ներկայիս ամրոցի հայտնվելը նրա տեղում գտնվում էր Կրոգեն ամրոցը։ 1420-ական թվականներին այն կառուցել էր թագավոր Էրիկ Պոմերանցին։ Ամրոցը թույլ էր տալիս Բալթիկ ծովը լքող նավերից տուրքեր հավաքել։ Այն ժամանակ ամրոցը կազմված էր մի քանի որմափակ շենքերից։

Իր ներկայիս Կրոնբորգ անվանումը ստացել է 1585 թվականին, երբ Ֆրեդերիկ 2-րդ թագավորը վերակառուցեց ամրոցը՝ այն դարձնելով Վերածննդի դարաշրջանի եվրոպական ամենափառահեղ ամրոցներից մեկը։

1625 թվականի սեպտեմբերի 25-ին Կրոնբորգը գրեթե ամբողջովին այրվում է, կանգուն է մնում միայն մատուռը։ Ամրոցի արտաքին տեսքը 1639 թվականին վերականգնում է Քրիստիան 4-րդ թագավորը, սակայն ներքին հարդարանքը չի հաջողվում վերստեղծել ամբողջությամբ։

1658 թվականին Կրոնբորգ ամրոցը Կարլ Գուստավ Վրանգելի առաջնորդությամբ գրավում են շվեդական զորքերը։ Երբ ամրոցը կրկին վերադառնում է Դանիայի տիրապետությանը, որոշվում է էապես ամրացնել նրա ցամաքային մատույցները, այդ պատճառով 1688-1691 թվականներին ամրոցի մոտ կառուցվում է ամրաբուրգ։

 

18-րդ դարից սկսած թագավորական ընտանիքն ամրոցն ավելի հազվադեպ է օգտագործում։ 1739 թվականից մինչև 19-րդ դարի կեսերը Կրոնբորգը ռազմական գործառույթների շարքում կատարում է բանտի դեր։ Ձերբակալվածները հսկվում էին կայազորի զինվորների կողմից և կատարում էին ամրաշինության աշխատանքներ։ Չնչին հանցանքների համար դատապարտվածներից մի քանիսին թույլատրվում էր աշխատել ամրոցի պատերից դուրս:Ներկայումս ամրոցի ստորգետնյա բանտախցերը բաց են զբոսաշրջիների այցելությունների համար։

Կրոնբորգ ամրոցի ամենահայտնի բանտարկյալը Գեորգ 3-ի քույր և Քրիստիան 7-րդի կին Կարոլինա-Մաթիլդա Ուելսցին էր. նա ազատազրկության մեջ մնացել է երեք ամիս 1772 թվականի հունվարի 17-ից մինչև ապրիլի 30-ը։

1785-ից մինչև 1924 թվականը Կրոնբորգն ամբորղջությամբ գտնվում էր դանիական զինվորականների կառավարման ներքո։ Վերջին զինվորը ամրոցը լքել է միայն 1991 թվականին, երբ կազմացրվում է էլսինորյան կայազորը, որը գոյություն ուներ 1425 թվականից։