Կոկայի ամրոցի ներկայիս տարածքում մարդիկ բնակվել են դեռ մեր թվարկությունից 2500 տարի առաջ։ Սակայն դրանք հիմնականում եղել են քոչվորներ։ Մշտական բնակիչներ այստեղ հաստատվել են երկաթի դարի սկզբում։ Մ.թ.ա. 5-րդ դարում այդտեղ արդեն գոյություն ուներ Վացեի (Vaccaei) ցեղի բնակավայրը, որն զբաղեցնում էր շուրջ 2 հա տարածք[1] և կոչվում էր Cauca vaccea: Բնակավայրն արագ զարգանում է. նրա տարածքը հասնում է 25 հեկտարի, և մինչ 1-2-րդ դարերը այն վերածվում է մեծ քաղաքի, որ շրջապատված էր հողաշեն պարիսպներով[1]։ Գտնվելով Պիրենեյան թերակղզու կենտրոնում և ունենալով ռազմավարական հարմար դիրք ու զարգացած տնտեսություն՝ քաղաքը գրավել է Հռոմեական կայսրության ուշադրությունը։ 151 թվականին քաղաքը գրավվել է Հռոմի կոնսուլ Լյուցիոս Լուկուլլոսի (Lucius Licinius Lucullus) կողմից և թալանվել։ Cauca vaccea-ն աստիճանաբար վերածվել է հռոմեական քաղաքի, բայց առանց պարիսպների։

Հռոմեական կայսրության անկումից հետո քաղաքը գրավվել է վեստգոթերի կողմից։ Քաղաքի մասին տեղեկություններ քիչ են պահպանվել։ Նրա մասին հետագայում հիշատակվում է 10-րդ դարում, երբ այն գրավվում է իսլամադավան ամիրա Աբդ ալ-Ռահման III-ը (կոչվել է «ան-Նասիր», որ նշանակում է «Անպարտելի»), ով Կորդովայի Օմայանների տոհմից էր։ 1085 թվականին այդ տարածքները նվաճել է Ալֆոնսո VI Խիզախը (իսպ.՝ Alfonso VI el Bravo), և այդ ժամանակից ի վեր Կոկան մնացել է քրիստոնյաների տիրապետության ներքո։

1123 թվականին Հռոմի պապի հրամանով Կոկան ընդգրկվում է Սեգովիայի պրովինցիայի կազմում։ 1439 թվականին Կոկան անցնում է Սանտիլյանայի մարքիզ դոն Ինիգո Լոպեսի (Don Inigo Lopez de Mendoza Marquis of Santillana) տիրապետության տակ, ով այն ժամանակ հայտնի բանաստեղծ էր։ 1453 թվականին՝ երկու տարի տևած բանակցություններից հետո, այդ տարածքներն անցնում են Ավիլա եպիսկոպոս Ալոնսո դե Ֆոնսեկային (Alonso de Fonseca), ով անմիջապես սկսում է նոր ամրոցի կառուցումը։ Հաջորդ տարի Ալոնսոն դառնում է Սևիլյայի արքեպիսկոպոս[1]։

Ամրոցի շինարարությունը տևել է ավելի քան 20 տարի և ավարտին է հասցվել միայն Ալոնսոյի զարմիկի կողմից 1473 և 1496 թվականների միջև ընկած ժամանակահատվածում։ Ամրոցի գլխավոր աշտարակի վրա կարելի է տեսնել ALONSO DE FONSEKA գրությունը և կիսաջնջված MCCC… գրությունը, որի հիման վրա որոշ պատմաբաններ ենթադրում են, որ ամրոցը հիմնադրվել է 15-րդ դարում (Ալոնսոյի զարմիկի անունը նույնպես Ալոնսո Ֆոնսեկա էր)[1]։

 

Ամրոցի շինարարության վրա աշխատելու համար ճարտարապետներ են հրավիրվել Տոլեդոյից։ Հայտնի է, որ աշխատողներին վճարելու համար Կոկայում հատվել են կեղծ մետաղադրամներ։

1503 թվականին Կաստիլիայի Իզաբելա թագուհին հրապարակել է հրաման, համաձայն որի՝ Կոկա քաղաքը ժառանգաբար կարող էր անցնել միայն տոհմի՝ արական սեռի ներկայացուցիչներին։ Հրամանի հրապարակման պատճառը արքեպիսկոպոս Ալոնսոյի զարմիկի երկու դուստրերին ժառանգությունից զրկելն էր։ Նույն թվականին աղջիկներից մեկը՝ Մարիա Ֆոնսեկան, առևանգվել է ամրոցից ու որոշ ժամանակ անց առանց թագավորի համաձայնության ամուսնացել մարքիզ դե Սենետի հետ։

1504 թվականին ամրոցի կառավարիչ է դառնում Անտոնիո Ֆոնսեկան (Antonio Fonseca)՝ Իզաբելա Կաստիլիացու ու Ֆերդինանդ II Արագոնցու զինվորական կապիտանը, ով կատարել է շինության ամրացման աշխատանքներ։

17-րդ դարում Կոկայի ամրոցում բանտարկված է եղել Մեդիան Սիդոնիայի դուքս Գասպար Ալոնսո Պերես դե Գուսմանը (Gaspar Alonso Perez de Guzman), ով ամրոց էր տեղափոխվել այն բանից հետո, երբ փորձել էր իրեն հայտարարել Իսպանիայի թագավոր։

1808 թվականի դեկտեմբերի 2-ին քաղաքը գրավվել է Նապոլեոնի զորքերի կողմից։ Ամրոցի փոքրիկ կայազորը, որ բաղկացած էր 25 մարդուց, չի կարողացել դիմադրել ֆրանսիացիներին, իսկ ամրոցի բնակիչները մեծ մասը փախել են շրջակա անտառները։ Ֆրանսիացիները մասամբ ավերել են ամրոցը և հեռացել միայն 1812 թվականին։

20-րդ դարում Ալբաների տունն ամրոցը նվիրել է պետությանը՝ պայմանով, որ այն ամբողջությամբ կվերակառուցվի։ 1931 թվականին Կոկայի ամրոցը հայտարարվել է ազգային հուշարձան։ 1958 թվականից այնտեղ գործում է անտառապետերի դպրոց։