בימי קדם ישבו באיים שבטים נגרואידיים נמוכי קומה, שצאצאיהם נקראים "נגריטו".

במאה העשירית, עם בואם של האוסטרונזים שהם רוב האוכלוסייה כיום, הנגריטו נדחקו למרכזי האיים.

במאה ה־9 לספירה הוקמה באיי הפיליפינים ממלכת טונדו – הממלכה הראשונה באיים, ולאחריה ממלכת מנילה (שהפכה מאוחר יותר לבירתה של הפיליפינים).

במאה ה־13 הגיעה השפעת האסלאם לפיליפינים מכיוון בורניאו וחלק קטן מהאוכלוסייה התאסלם.

ב־1521 הגיעו הספרדים אל האיים והכריזו עליהם בעלות. ב-1543 ניתן להם שמם על ידי מגלה הארצות רוי לופס דה וייאלובוס לכבודו של פליפה נסיך אסטוריאס, שהפך מאוחר יותר למלך ספרד. הספרדים החלו בכיבוש האיים ב-1565, תחת הנהגתו של מיגל לופס דה לגאספי, שלטו בפיליפינים במשך 333 שנים והשפיעו רבות על תרבותה.

בשנת 1896 החל מרד הפיליפינים נגד השלטון הספרדי במה שכונה המהפכה הפיליפינית. הספרדים המשיכו בשליטתם על האיים עד שהובסו בידי ארצות הברית במלחמת ארצות הברית–ספרד ב־1898. על פי חוזה פריז עברו האיים לשליטתה של ארצות הברית.

ב־1935 הפיליפינים קיבלו שלטון עצמי, אולם במלחמת העולם השנייה נכבשו בידי האימפריה היפנית. במהלך המלחמה עמד צבא אמריקני־פיליפיני משותף בפיקודו של הגנרל דאגלס מקארתור במצור בחצי האי באטאן ובאי קורחידור. הגנרל מקארתור שנאלץ לעזוב את האי, לאחר כניעת הכוחות הנצורים, הבטיח לתושבי הפיליפינים כי ישוב (המשפט הלקוני "עוד אשוב" מצוטט עד היום וחקוק באתרים שונים בפיליפינים). תקופת הכיבוש היפני התאפיינה באכזריות ולוותה בשעבוד פיליפינים רבים.

מאמצע שנת 1942 עד אמצע שנת 1944 העבירו מקארתור ונימיץ אספקה וציוד לכוחות הגרילה הפיליפינים באמצעות צוללות, על מנת שאלה יוכלו להטריד את היפנים ולהשתלט על האזורים ההרריים ועל הג'ונגל, שהיוו כמחצית משטחו של הארכיפלג. פיליפינים רבים האמינו כי שחרור מעול הכיבוש היפני יניב חופש ועצמאות, אותה הבטיחה להם ארצות הברית.

בשנים 1945–1946 פלשו האמריקאים שוב לאיים במסגרת המערכה בפיליפינים. ניצחון אמריקאי הושג לאחר קרבות קשים ועקובים מדם.

הכוחות האמריקאים עזבו את הפיליפינים ב-4 ביולי 1946, שהוא התאריך שנקבע עוד לפני פרוץ המלחמה, ולא הושפע ממנה. ב־1946 הפיליפינים הכריזו על עצמאותם.

חמישה נשיאים התחלפו עד עלייתו של פרדיננד מרקוס לכס הנשיאות ב־1966. ב־1972 הוא הכריז על משטר צבאי ופיזר את הפרלמנט. אולם ההתנגדות למשטרו גברה ב־1983 לאחר שאחד ממתנגדיו – הסנטור לשעבר בניגנו אקינו הבן, נרצח. העם דרש בחירות מחודשות, וב־1985 נבחרה קורסון אקינו אשת הנרצח לנשיאת הפיליפינים. מרקוס ניסה לזייף את התוצאות אך לבסוף נמלט מהמדינה ונפטר לאחר שנים לא רבות.

ב-2009 פגעה סופת הטייפון "קסטנה" בפיליפינים. כ־300 איש נהרגו ומאות אלפי בני אדם פונו מבתיהם, באחת הסופות הקשות ביותר שפגעו בפיליפינים.

ביוני 2010 נבחר בניגנו אקינו (השלישי), בנם של קורסון אקינו ובניגנו אקינו הבן, לתפקיד נשיא הפיליפינים.

בנובמבר 2013 פגע טייפון האיאן (יולנדה) בפיליפינים. הסופה גרמה לנזק כבד ולמעלה מ-2,000 הרוגים כתוצאה מפגיעות הטייפון.

בדצמבר 2014 פגע טייפון הגופיט בפיליפינים. הסופה גרמה לנזק כבד, 19 הרוגים ולמעלה מ-900 פצועים.

במאי 2022, זכה בבחירות בנו של פרדיננד מרקוס, פרדיננד מרקוס ג'וניור. סגניתו הייתה שרה דוטרטה-קרפיו, בתו של הנשיא היוצא רודריגו דוטרטה.