לפני הגעת הספרדים, שכן במקום יישוב קטן של בתי חיזרן שניצב אותה עת על אי. העיר נוסדה על ידי הקונקיסטאדור חואן דה סלסדו (Juan de Salcedo) ב-1572. כאשר הגיע למקום, הוא הבחין בצמחייה הגדלה על גדת הנהר מסטיסו (Mestizo). הוא שאל לשם הצמחים, ומשמם - "Biga'a" - הוא גזר את שם העיר, ויגאן. שמה הרשמי של העיר היה "וילה פרדיננדינה" (Villa Ferdinandina) לכבוד בנו הבכור של פליפה השני, מלך ספרד, והיא הייתה היישוב הצפוני ביותר שהקימו הספרדים בפיליפינים. היא הפכה לבירה האזורית, ונועדה לשמש כמרכז מסחרי, ולא כמצודה. בסוף המאה ה-17, נוצר בעיר סגנון אדריכלי חדש, ששילב בין הבנייה המסורתית המקומית לבין שיטות הבניין באבן, בלבנים ובעץ שהביאו הספרדים. ב-1758 נקבע מקום מושבו של ארכיבישוף בעיר, והיא הייתה למרכז תרבותי אזורי. בשל התפתחותו של היישוב, היא זכתה לשם "סיודאד פרדיננדינה דה ויגאן" (Ciudad Fernandina de Vigan - "העיר פרדיננדינה של ויגאן") ב-1778. נהר מסטיסו הסמוך, ששימש כעורק תחבורה ימי בין המאה ה-16 למאה ה-19, נסתם עם השנים, והאי שעליו שכנה העיר התחבר ליבשה. ויגאן עמדה בקשרי מסחר עם סין במערב, ועם המושבות הספרדיות במקסיקו במזרח. בשל כך שררה בעיר אווירה רב-תרבותית.