רוקמדור והמערות הרבות שבסביבתה היו מיושבים כבר בתקופה הפלאוליתית. במהלך המאה ה-8 לפנה"ס יושב האזור על ידי הקדורקים (Cadurques)(צר').

המקום נזכר בכתובים לראשונה במסמך משנת 968 שבו האזור הועבר לרשות המנזר הבנדיקטיני של טיל. במסמך מ-1105 מוזכרת הקמת קפלה קטנה במסתור שבמצוק במקום הנקרא ""רופיס אמטוריס"" (Rupis Amatoris). ב-1112 התיישב ברוקמדור אבל מטורן (Turenne)(אנ'), אב המנזר של טיל. ב-1119. התקבלה תרומה ראשונה מיודס (Eudus) דוכס לה מרש (comte de la Marche)(צר'). דיווח כתוב ראשון על ניסים שאירעו במקום נכתב במאה ה-12 על ידי נזיר בנדיקטיני מטיל[1]. עיקר הבנייה במתחם הקדוש הייתה במחצית השנייה של המאה ה-12.

בשנת 1166 נמצאה גופה, במצב שימור מושלם (corps intact), בקבר עתיק במקום בו נמצאת כיום כנסיית נוטרדאם. הגופה יוחסה לאמאטור הקדוש, הבישוף של אוסר שחי במאה הרביעית. "עכשין היה לרוקמדור הקדוש שלה"[2]. חשוב לציין שרוקמדור הייתה כבר אתר עלייה לרגל עוד לפני הגילוי. הנרי השני, מלך אנגליה הגיע למקום כבר בשנת 1159.

בחורף 1211 ארנו אמורי, השגריר האפיפיורי למסע הצלב האלביגנזי, שהה ברוקמדור.

ב-1291 האפיפיור ניקולאוס הרביעי הוציא שלושה שטרי אינדולגנציה לעולים לרגל לרוקמדור.

במאה ה-14 ירדה הפופולריות של רוקמדור כיעד לעולי רגל והנזירים הבנדיקטיניים עזבו את המקום.

אמנם ב-1417 הוחלט על שיפוץ נרחב, אולם לא נמצאו המשאבים הנדרשים. כנסיית נוטראדם (שנהרסה במפולת סלעים), שופצה רק ב-1479.

ב-1562, במהלך מלחמות הדת בצרפת, הפרוטסטנטים השתלטו על רוקמדור הרסו מבנים, הרסו וטמאו אביזרי קדושה ובזזו את אוצר הכנסייה. המקום נבזז שנית במהלך המהפיכה.

במאה ה-19 החלה בצרפת פעילות של שיקום מונומנטים היסטוריים, שבמסגרתה שוקמה גם רוקמדור שבתחילת המאה הייתה במצב של הזנחה קשה: רק 3 כנסיות נשארו פעילות השאר היו מוזנחות או חרבות. עבודות השיפוץ הסתיימו רק ב-1872.