כיכר פלאסה דה ארמאס בלילה, יוני 2009

שמה הילידי של העיר הוא קוסק. השם שימש במחוזות הדרומיים בהם דוברה שפת קצ'ואה, אך מקורו משפת האימארה. המילה נגזרת מהביטוי qusqu wanka ('סלע הינשוף'), הקשור למיתוס ייסוד עירם של האחים - אָיַיר.

על פי האגדה נוסדה קוסקו על ידי בן האינקה הראשון, מאנקו קאפאק, בראשית המאה ה-12, אך לפי עדויות ארכאולוגיות, העיר הייתה מיושבת מאות שנים לפני עליית האינקה, ושכנו בה תרבויות אחרות. היא נכבשה בידי אנשי האינקה רק בשנת 1438, בתקופת האינקה התשיעי פאצ'אקוטי. בתקופה זו כבשו אנשי האינקה את מרבית שטחם של האנדים המרכזיים.

פאצ'אקוטי פיתח את העיר ונתן לה צורה המזכירה פומה. כמו כן הוא הקים בה רשת של תעלות מים, וכן טרסות ומקדשים מרהיבים לכל אורכה. מאז ועד הגיעם של הספרדים הייתה קוסקו בירה משגשגת של האימפריה.

ואיינה קאפאק הסאפה אינקה ה-11 היה האחרון שזכה לשלוט באימפריה המאוחדת. במותו הוא הוריש את האזור לשני בניו. את החלק הצפוני הוריש לאטוואלפה ואת החלק הדרומי, שבו שוכנת קוסקו, לוואסקאר. עד מהרה פרצה בין השניים מלחמת אחים שבה הביסו כוחותיו של אטוואלפה את כוחותיו של ואסקאר.

ב-1532 החלה משלחת ספרדית בפיקודו של פרנסיסקו פיסארו את כיבוש פרו. המשלחת פגשה את אטוואלפה, שסיים את כיבוש חלקה הדרומי של האימפריה, בעיירה קחאמרקה. אטוואלפה הגיע לפגישה בליווי משלחת גדולה, אך לא חמושה ולאחר שסירב לקבל עליו את הנצרות וזרק את ספר התנ"ך שהוגש לו לקרקע, הספרדים זינקו מהמארב, טבחו בלוחמי האינקה ולקחו את אטוואלפה עצמו בשבי.

כדי לקנות את חירותו, הציע אטוואלפה לתת את מרבית אוצרות האימפריה, וכך פורקו חצרות הזהב והכסף של האינקה. למרות זאת, בעקבות לחץ משאר מפקדי המשלחת ושמועה לא מבוססת שאטוואלפה פקד על צבאו להתקדם לעבר הספרדים ולתקוף אותם, הוציא פיסארו את אטוואלפה להורג.

במשך החודשים שלאחר מכן צעדו הספרדים בשביל ההררי הקשה, חצו את נהר האפורימק ולחמו בכוחותיו של אטוואלפה. נתיני האימפריה המקומיים שהיו נאמנים לוואסקאר וראו בצבאותיו של אטוואלפה צבא כובש, סייעו בידיהם של הספרדים ואף ראו בהם משחררים. עם סיום הקרבות וכיבוש העיר קוסקו הכתיר פיסארו את מאנקו אינקה יופאנקי כיורשו של ואסקאר ושליט האינקה תחת השלטון הספרדי. אולם הלה, שסבל מהתעללות של בני משפחת פיסארו, נמלט, גייס צבא גדול והטיל מצור על העיר במשך 10 חודשים עד שהגיעה משלחת חילוץ.

עד המאה ה-16 הפכה קוסקו לעיירה קולוניאלית ספרדית ומעט נותר ממורשת האינקה. רוב בנייניה הקודמים נהרסו ופינו את מקומם לכנסיות ובתים קולוניאליים בסגנון ספרדי. רעידת האדמה ב-1950 פגעה ברבים מהמבנים העתיקים בעיר. אולם, עד היום אפשר למצוא ברחובותיה יסודות וחומות מתקופה קדומה יותר, שהופכת את הביקור בעיר לחוויה בנבכי הזמן.

אוכלוסיית העיר צמחה במהירות, ומ-25,000 תושבים בלבד בשנת 1900 ו-80,000 ב-1960, היא צמחה לעיר בת 435,000 תושבים כיום.