יישוב אנושי באזור קופאן התקיים כבר סביב שנת 1300 לפנה"ס, והתושבים הקדומים ישבו בעיקר בעמק בסמוך לנהר, אך שרידי יישוב התגלו גם בהרים סביב העמק. המבנה המוקדם ביותר במקום התגלה מספר מאות מטרים מזרחית לעתיקות העיר, בעומק של מספר מטרים באדמה, והוא מתוארך לתקופה שבין שנת 1300 עד שנת 1000 לפנה"ס. החרסים שהתגלו נשאו עיטורים הדומים לאלה שנמצאו ברחבי הונדרס, אל סלוודור ומדינת צ'יאפס בדרום-מזרח מקסיקו. בשכבת אדמה בעובי של חצי מטר מעל השכבה המוקדמת לא נתגלו כל ממצאים, ומכך הסיקו החוקרים כי העמק נינטש לפרק זמן כלשהו. ב-1978 התגלו בסמוך לבית זה שרידיהם של 50 מבנים, אשר שכנו בשכבת קרקע קרובה יותר לפני השטח, וכן נתגלו שרידי חרסים וקברים מהמאה ה-9 לפנה"ס עד המאה ה-4 לפנה"ס. כמו כן מצאו החוקרים תכשיטי ירקן הנחשבים לבין העתיקים שנתגלו באמריקה המרכזית. מאידך נראה שלאחר תקופה זו ועד לתקופה הקלאסית, התרבות המקומית לא התפתחה והסיבה לכך טרם נתבררה. כך גם לא נמצאו כתובות מהתקופה שקדמה לתקופה הקלאסית. רק בסביבות שנת 100 שבה התרבות המקומית להתפתח, ומתקופה זו שוב נמצאו שרידי מבנים מאבן וכלי חרס עם עיטורים צבעוניים.

עד לתקופה הקלאסית המוקדמת, בין שנת 250 ל-400 לא נודעה לקופאן חשיבות ברמה הלאומית. היא נזכרה בכתובת מאוחרת יותר לאחר שכבר נוסדה בשנת 426 וקמה בה שושלת מלוכה שעתידה לכלול 16 שליטים, אך סביר שבתקופה זו עדיין הייתה יישוב צנוע ללא מבני אבן מונומנטליים. לא נמצאו כתובות מתקופתם של שבעת מלכיה הראשונים של העיר, שהאחרון שבהם מלך בראשית המאה ה-6. אלה נזכרו רק בשלב מאוחר יותר על מזבח Q באתר הסוקר את כל 16 שליטיה של העיר, ומסיבה זו אין ודאות באשר לתאריכי לידתם, המלכתם ומותם. באשר למלך השמיני ולמלך התשיעי, אפילו שמותיהם אינם ידועים, והמידע עשיר יותר רק החל בשליט העשירי אשר כונה "יגואר הירח".

בתקופתו של המלך הבא והשליט ה-11 של העיר, "נחש העשן" אשר מלך בין 578 ו-628, החלה תקופת הזוהר של קופאן. השליט ה-12, "אימיקס העשן" נחשב לחזק שבמלכי קופאן. הוא מלך בעיר משך 67 שנים עד שנת 695, ואזור שליטתו השתרע על שטח גדול ומרוחק מהעיר עצמה. הוא הקים מבנים נושאי כתובות על מורדות ההרים שסביב לעמק, ושמו נזכר גם בממצאים מהעיר השכנה, קיריגואה. בתקופת יורשו של "אימיקס העשן", "18 ארנבות", המשיכה קופאן לשגשג, אולם בשנת 738 הוא הובס על ידי ממלכת קיריגואה, נשבה והוצא להורג. לא ברור אם הדבר היה בקרב או בעת שביקר בקיריגואה, וייתכן שאף הוקרב כקורבן. משך כמעט עשרים שנים לאחר מכן לא קמו בעיר פירמידות, מזבחים או מבנים חשובים אחרים. השליט ה-15 במספר, "קונכיית העשן", עלה לשלטון בשנת 749 ולאחר כשמונה שנים, וככל הנראה לאחר שהצליח לחדש את עצמאות עירו במידת מה, שב והקים מקדשים ומבנים בעלי חשיבות. בשנת 763 עלה לשלטון שליט קופאן ה-16 במספר, והאחרון הידוע כיום. הוא המשיך בפעילות בנייה אך זו נפסקה לחלוטין בשנת 805, ולאחר מועד זה אין כל תיעוד מהעיר.

הסיבה המדויקת להיעלמותה של היסטוריה כתובה אודות העיר אינה ידועה, אך ייתכן שניתן למצוא לכך ראיה כלשהי בהופעת אזכורים אודות שליטים מקומיים בשנותיה האחרונות של העיר. ייתכן שאזכורם של אלה הוא עדות לכך שהממלכה התפרקה וחדלה לתפקד כיחידה מדינית אחת. מאידך, כל תרבות המאיה שקעה בתקופה זו ועל כן ייתכן כי הסיבות להיעלמותה של קופאן היו רחבות יותר, והיו קשורות בניצול יתר של המשאבים הטבעיים והתכלותם בשל גידול משמעותי באוכלוסייה.

בהגיע הספרדים לאזור ב-1570, היה המרכז הטקסי של העיר נטוש ומכוסה ביער, והשטח מסביב לאתר יושב בדלילות בחוות חקלאיות. אף שזכר המקום לא נשתכח מתושבי האזור, הוא נתגלה על ידי חוקרים מן החוץ רק במהלך המחצית הראשונה של המאה ה-19. האתר תואר לראשונה ב-1834 ונחקר לעומק בין 1891 ו-1900. מאז ולאורך המאה ה-20 נערכו במקום מספר מחקרים.