האזור יושב באורח דליל בסוף התקופה הפלאוליתית העליונה (האלף ה-9 וה-8 לפנה"ס), על ידי ציידים-לקטים אשר ניצלו את הדגה העשירה בנריס, ואת מרחבי הציד על גדותיו. מספר היישובים הלך וגדל במשך התקופה המזוליתית והתקופה הנאוליתית, והחל בתקופת הברונזה החלו קמות מצודות על גבעות שולטות ברחבי האזור הבלטי. בקרנאווה הוקמו לא פחות מחמש מצודות סמוכות מסוג זה מתוך כאלף מצודות ששרידיהן פזורים באזור כולו. המרכזית מבין המצודות שנקראה "אאוקורו" (Aukuro) שימשה כאחוזתו של הדוכס השליט, וארבע האחרות שימשו להגנת היישוב ששכן לרגליהן, בין הגבעות והנהר.
העיר נזכרה לראשונה בשנת 1279 כבירתו של הדוכס הגדול טראידנס (Traidens) שהושמה במצור המסדר הטווטוני, אם כי יש הסוברים כי כבר ב-1253 הוכתר בה מינדאוגאס (mindaugas) שאיחד את ליטא לראשונה. באותה עת שימשה קרנאווה כבירתה הראשונה של ליטא והמרכז הכלכלי והפוליטי החשוב בה, אולם ב-1390 שרפו אבירים צלבנים את העיר על כל בתי העץ שבה וחמש הטירות שלידה.
העיר לא נבנתה שוב ותושביה הנותרים עברו להתגורר במעלה הגבעה הסמוכה. אט אט כוסתה העיר באדמה שנשא עמו הנהר, וזו הייתה לכבול לח. כבול זה שימר את יסודות המבנים בעיר ואת הממצאים השונים כפי שהיו בסוף המאה ה-14, דבר שהוביל לכינוי העיר בשם "טרויה של ליטא"[1].
האתר זכה לעניין מחודש במאה ה-19 לאחר שהסופר פליקס ברנטווויץ' (Feliks Bernatowicz) תיאר אותו ברומן "פאיאוטה, בתה של ליזדייקה" (Pojata, córka Lizdejki). מאז החלו חוקרים לבצע חפירות באתר שנמשכו בהפסקות מ-1859 ועד 1983.
בעיר שהוכרזה כשמורה תרבותית פועל מוזיאון לארכאולוגיה ולהיסטוריה המציג את הממצאים באתר. כן מתקיימות בה חגיגות בנוסח ימי הביניים מדי שנה ב-23 ביוני ומדי חודש יולי מתקיים בה פסטיבל ארכאולוגיה.
הוספת תגובה חדשה