קנאורגנץ' ישבה על אחד מנתיביה הצפוניים של דרך המשי, במקום בו זו פגשה את נהר אמו דאריה. מועד ייסודה המדויק אינו ידוע אך יש הטוענים כי מצודת קרקמולה בעיר נבנתה בתקופת הממלכה האחמנית במאה ה-6 לפנה"ס או במאה ה-5 לפנה"ס.

בשנת 712 פלשו הערבים לעיר וקראו את שמה גורגנג'. העיר החלה לשגשג החל במאה ה-10, והמאה ה-12 סימנה את תחילת תקופת הזוהר שלה כשהייתה לבירת ממלכת ח'ווארזם, ונחשבה לעיר השנייה בחשיבותה במרכז אסיה לאחר בוכרה. בשנת 1221 נהרסה קנאורגנץ' לחלוטין על ידי צבאותיו של ג'ינגיס חאן אשר טבח בתושביה. העיר שוקמה אך נחרבה שוב על ידי טימור לנג ב-1388, אם כי היא המשיכה להתקיים עד המאה ה-16. באותה עת שינה נהר האמו דאריה את מסלולו והעיר נינטשה לחלוטין.

החל ב-1831 החלו טורקמנים להתיישב בסביבותיה של העיר העתיקה ועשו בה שימוש בתור בית קברות. חפירות ועבודות מחקר התבצעו באתר לראשונה החל בשנת 1929.