בתקופת שלטונה של שושלת העבדים המקום שימש כמבצר קילוקהרי שהיה עיר הבירה של הסולטאן מואיז אוד דין קאיקאבאד, שהיה נכדו של נאסיר אוד דין מחמוד (1268–1287).

קברו של הומאיון נבנה החל ב-1562 לפי פקודה של חמידה באנו בגאם, אלמנתו של הומאיון. האדריכלים שתכננו את המבנה היו האפגאנים סעיד מוחמד איבן מיראק גהייאטהודין ואביו מיראק הייאטהודין. בניית המתחם נמשכה שמונה שנים ובמהלכה נבנה גן בסגנון הפרסי - צ'אר באאה, שהיה הראשון מסוגו באזור. הקבר הראשי במתחם הוא זה של הקיסר הומאיון, וכן קבורים במקום אשתו הראשית חמידה באנו בגאם וכ-150 שליטים שמלכו אחריו. מספר הקברים הגבוה הוא הסיבה שלמקום הוענק הכינוי "הנקרופוליס של השושלת המוגולית".

עבודות השיקום שבוצעו על ידי קרן אגא חאן לתרבות הושלמו במרץ 2003, ואפשרו למים לזרום מחדש דרך התעלות שבגנים[1]. המימון לעבודות היה ממוסדות הצדקה של אגא חאן עבור הודו. בנוסף, הקרן מבצעת עבודות שחזור בקבר הספר, מקום קבורתו של אביו של הומאיון בקאבול.