העיר נמצאת על נתיב מסחר היסטורי חשוב בין סין וטיבט להודו. במאה ה-17 היא הייתה חלק מממלכת קאסקי, אחת מממלכות נפאל, ובהרים שסביב פוקהרה ניתן למצוא שרידי מבנים מתקופה זו.

לאחר פלישת סין לטיבט בשנת 1959 הגיעו לאזור פוקהרה כ-300,000 פליטים טיבטים, המתגוררים בכפרים סביב העיר עד היום. הפלישה גם חסמה את נתיב המסחר החשוב שעבר באזור, בין סין להודו. עד שנות ה-60 היה ניתן להגיע לפוקהרה רק רגלית, ובניית הכביש הראשון המחבר בין העיר לבירה קטמנדו הסתיימה רק בשנת 1968. כיום יש בעיר שדה תעופה קטן.

התושבים משתייכים למגוון קבוצות אתניות של נפאל, ובעיקר לבני הקאס (Khas), גורונג (Gurung) ומגאר (Magar). מבחינת דתית רוב התושבים הם הינדים, ומיעוטם בודהיסטים, בנוסף לקהילה קטנה של מוסלמים.