המלך כורש בחר להקים את בירתו סמוך לאתר הקרב בו הביס את מדי בשנת 550 לפנה"ס, והעבודות להקמת העיר החלו בסביבות שנת 546 לפנה"ס. כאשר כורש נהרג בשנת 530 לפנה"ס נטמן לפי הסברה בפסארגאדה, והמאוזולאום שלו הוא השריד הידוע ביותר השוכן בה כיום. פסארגאדה שימשה כבירת הממלכה עד שדריווש הראשון, שמלך אחרי קָמְבּוגִ'יַה השני (כנבוזי) בנו של כורש, החליט להקים לו בירה חדשה בפרספוליס. עם זאת, פסארגאדה נותרה מרכז חשוב עד שהממלכה נכבשה בידי אלכסנדר מוקדון בשנת 330 לפנה"ס. לפי הרודוטוס ומספר היסטוריונים נוספים, ביקר אלכסנדר בקברו של כורש בעיר ושיפץ אותו.

המצודה במקום מכונה "תל-א תאחת" ("תל הכס") או "תל-אה תאחת-אה סוליימאן" ("תל כס שלמה"), והיא נותרה בשימוש גם בתקופה מאוחרת יותר; אך ארמונות העיר נינטשו וחומרי הבניין שלהם נוצלו למטרות אחרות. מאז המאה ה-7 נודע מבנה הקבר של כורש בכינוי "קבר אם שלמה" ("קבר-א מדאר-א סוליימאן"). לא ברור אם מדובר באמת או באגדה, אך לפי סיפור המעשה ביקשו הערבים הכובשים להרוס את מבנה הקבר, כיוון שעמד בניגוד לעקרונות האסלאם. תושבים מקומיים שכנעו אותם כי הקבר שייך למעשה לאימו של שלמה, ומכאן מקורה של האמונה כי זהו קברה. המקום היה לאתר עלייה לרגל, ומסגד קטן נבנה באתר במאה ה-10 תוך שימוש בעמודי הארמונות העתיקים. המסגד נותר בשימוש עד המאה ה-14, וכשהאתר שופץ בשנות ה-70 של המאה ה-20 הוא הועבר למקום אחר.