גילויו של האי לוט בערפל. שמו המקורי של האי היה "Ilha da Quaresma" - "אי התענית", המעיד על מועד גילויו. האי מוזכר ניצפה על ידי ספנים בשנים 1501, 1502 ו-1503. על פי הרוזן מסאנטארם האי התגלה על ידי גספאר דה למוס אשר נשלח לפורטוגל על גבי ספינת האספקה של ציו של פדרו קברל על מנת שידווח על גילוי ברזיל. היסטוריונים מודרניים משייכים את הגילוי למסע הגילויים של פרנאו די נורוניה. הראשון שתיאר את האי היה אמריגו וספוצ'י אשר הפליג בספינה פורטוגזית לברזיל בשנת 1503.

בשנת 1534 נכבש האי על ידי צי אנגלי ובשנת 1556 על ידי הצרפתים ששלטו בו עד שנת 1612, עת שבה השליטה בו לידי אנגליה. בשנת 1628 נכבש האי על ידי הולנדים, ובשנת 1630 על ידי צי פורטוגזי בפיקודו של רוי קלאזה בורגס. בשנת 1635 שב האי לשליטה הולנדית והם השתמשו בו כאתר לבית חולים לכוחותיהם ששלטו בצפון מזרחה של ברזיל. באותה עת נקרא האי בשם "פאבוניה" על שמו של מישאיל די פאו. בשנת 1655 נכבש האי בשנית על ידי פורטוגל שהחזיקה בו עד שנת 1736, עת ננטש האי ונתפס על ידי חברת איי הודו המזרחית הצרפתית ששינתה את שמו ל"אי יורש העצר" (או "אי הדופין" - Isle Dauphine). בשנת 1737 גורשו הצרפתים מהאי והשליטה בו שבה לידי פורטוגל, אשר החליטה לבצרו ולמנוע כיבושים נוספים. באי נבנו עשרה מוצבים באתרים אסטרטגיים למטרה זו - תשעה באי המרכזי ואחד באיליה די סאו ז'וסה (Ilha de São José). המוצבים קושרו במערכת דרכים שרוצפו באבן. מערכת ההגנה של האי תוכננה על ידי המהנדס הצבאי דיוגו דה סילוורה ולוזו. בשנת 1770 נוסד היישוב הראשון באי - הכפר וילה דוס רמדיוס.

בתקופת מלחמת העולם השנייה, בשנת 1942, הפכו האיים למחוז פדרלי, ובאי נבנה כלא לאסירים פוליטיים. בשנות ה-50 של המאה ה-20 התקין חיל האוויר של ארצות הברית ציוד טלמטריה באי, ששימש למעקב אחר טילים ששוגרו מהמרכז לניסויי טילים בכף קנוורל שבפלורידה[1]. בשנת 1988 הוכרז מרבית שטחי האיים (70%) הוכרזו כשמורת טבע. ב-5 באוקטובר 1988 בוטל השטח הפדרלי והאיים הפכו לחלק ממדינת פרנמבוקו. בשנת 2001 הכריז ארגון אונסק"ו על האיים כאתר מורשת עולמית.