מקור שמה של מיקנה הוא בתקופה הקדם-יוונית, והיא נקראה במיקנית בצורת הרבים "מוקנאי". מאוחר יותר הפך השם ל"מיקיני" ביוונית אטית, וביוונית מודרנית היא מכונה "מיקינס". האתר היה מיושב מתקופת האבן החדשה, בשנת 4000 לפנה"ס לערך. הקברים המוקדמים ביותר שהתגלו במקום הם "מעגל הקברים השני" מהמאה ה-17 לפנה"ס ו"מעגל הקברים הראשון" מהמאה ה-16 לפנה"ס. הארמון הוקם בשיא גובהו של התל והוקף בחומות ברוחב של שישה עד שמונה מטרים, ובגובה של עד 18 מטר. חומות אלה כונו על ידי היוונים בכינוי "חומות קיקלופיות", שכן, בשל האבנים המסיביות מהן נבנו, רווחה הסברה שרק קיקלופים היו יכולים להקימן. הארמון נבנה בשלושה שלבים - הראשון ב-1350 לפנה"ס, ולאחר מכן ב-1250 וב-1225 לפנה"ס. בד בבד חדלו המיקנים מקבורת מלכיהם בחללים שתחת לאדמה, ובנו במקומם קברים עגולים ענקיים בצורת תולוס אשר נבנו לרוב אל תוך צלע ההר. קברים אלה, השוכנים מדרום ומדרום-מערב לאקרופוליס, הוקמו בין המאה ה-15 למאה ה-13 לפנה"ס.

הארמון ננטש במשבר תקופת הברונזה המאוחרת בסוף המאה ה-12 לפנה"ס, ועוצמתה של מיקנה דעכה. נהוג לייחס זאת לפלישה הדורים מצפון יוון, אולם יש המפקפקים בקיומה של פלישה כזו כלל ועיקר, ותומכים בסברה כי פלישת גויי הים היא זו שהביאה להרס. מול גישות אלה, שנקודת התורפה העיקרית שלהן היא בכך שלא נמצאו ממצאים התומכים בפלישה ובכיבוש, יש הטוענים לתהליך שהונע מבצורת רחבת היקף. לפי סברה זו, מיקנה וערים מיקניות אחרות ננטשו ונהרסו בידי האוכלוסייה המתקוממת והמאוכזבת. אולם לא נמצאו ראיות לשינוי אקלימי רחב היקף, ולמעשה גם כיום הסיבה המדויקת לסופה של התרבות המיקנית איננה ידועה. האתר המשיך להיות מיושב עד כיבוש המקום בידי ארגוס בשנת 498 לפנה"ס, עת תושביו גורשו. חלקה העליון של הגבעה שוטח והוקם בו מקדש לאתנה, ובתקופה ההלניסטית נבנו בו מקדש נוסף ותיאטרון, אך במאה ה-2 הוא ננטש שוב, ונחשב ליעד תיירותי כבר בעת העתיקה.