בימי הביניים המוקדמים היה האזור שבו שוכנת כיום בשקיריה ערש הולדתם של המדיארים (ההונגרים), וגם כאשר שבטים בודדים, בהנהגתו של הצ'יף ארפאד, נדדו משם למרכז אירופה ויסדו את הונגריה, נותרו מרבית המדיארים שם – באזור שכונה "מאגנה הונגריה" (בלטינית: "הונגריה הגדולה") – עד שהושמדו, במאה ה־13, בידי המונגולים. שטחה של בשקורטוסטן היה חלק מהנסיכויות הטטריות שהיו באזור עד שנכבש ב־1554 על ידי איוואן האיום, נסיך מוסקבה. בניגוד לטטרים, הבשקירים לא התנגדו בצורה פעילה בתקופה הראשונה, אך כאשר השלטון ניסה להתערב יותר מדי בחייהם, גזל את אדמותיהם ואכלס אותן בקוזקים (אורנבורג וצ'לייבינסק), הצטרפו הבשקירים למספר מרידות קוזקים, שהידועה בהן היא מרד ימליאן פוגצ'וב ב־1773–1774, שבעלי בריתו הבכירים היו הבשקירים סלווט יולייב ואביו יולאי אזנלין. לאחר מותו במאסר ועבודות פרך באסטוניה הוכרז סלווט כגיבור לאומי בבשקורטוסטן. סמלה המודרני של בשקורטוסטן כולל את דמותו. לאחר דיכוי מרד פוגצ'וב, הבשקירים כמעט ולא התמרדו עוד והשלימו עם השלטון הרוסי.

ב־1918 התאחדו כל הרפובליקות בין אורל לוולגה למדינת אידל אורל, שהכריזה על עצמאותה מרוסיה. בשנת 1919 הצטרפה המדינה לברית המועצות כרפובליקה אוטונומית בפדרציה הרוסית. ב־1990 הפכה הרפובליקה האוטונומית לרפובליקה סובייטית, ולאחר התפרקות ברית המועצות הייתה לרפובליקת בשקורטוסטן.