בניית המבנה החלה ב-1560 על ידי האדריכל ג'ורג'ו וזארי עבור הדוכס של טוסקאנה, קוזימו הראשון דה מדיצ'י. לאחר מכן המשיכו בבנייה ברננדו באוטלנטי ואלפונסו פריג'י עד לסיום ב-1581. המבנה תוכנן להכיל את משרדי השופטים הפיורנטינים ומכאן שמו. במהלך השנים הלכה משפחת מדיצ'י וצברה אוצרות אמנות רבים אשר רובם הוצבו בחללי תצוגה באופיצי. בני משפחת מדיצ'י נחשבו לפטרוני האמנות הגדולים ביותר של איטליה ואוספיהם הלכו וגדלו. באמצע המאה ה-17 ירדה המשפחה מהשלטון בפירנצה אך אוצרות האמנות נשארו בגלריית האופיצי. למרות שכבר במאה ה-16 הייתה הגלריה פתוחה למבקרים בתיאום מראש, רק בשנת 1765 היא נפתחה לציבור באופן רשמי.

בשנת 1993 נפגע חלק מן הגלריה מפיצוץ מכונית תופת ברחוב סמוך, שבו נהרגו 5 אנשים. הפיצוץ, שבוצע כנראה על ידי המאפיה, פגע בחלק מהמבנה ובמספר פסלים אשר שוחזרו אך מספר פרסקאות ניזוקו קשה ולא ניתן היה לשחזר אותם.

המוזיאון הוא אחת מאטרקציות התיירות המרכזיות בפירנצה, ופוקדים אותו מדי שנה יותר ממיליון מבקרים. בשל מספרן הרב של יצירות האמנות הנמצאות במוזיאון ביחס לגודלו, הועברו במהלך השנים חלק מהיצירות למוזיאונים אחרים בפירנצה, כגון הבארג'לו. במהלך שנת 2006 עבר המוזיאון שיפוצים לשם הרחבת חללי התצוגה.