קורותיה של לימירה בתקופות הארכאית והקלאסית אינן ידועות לאשורן. היא נזכרת בחיבורו של סטראבון "גאוגרפיקה", בכתבי הגאוגרף והתוכן תלמי, אצל פליניוס הזקן" ואחרים. באמצע המאה ה-6 לפנה"ס נכבשה על ידי הפרסים, ויחד עם שכנותיה הייתה לחלק מהממלכה האחמנית. במאה ה-4 לפנה"ס הובילה לימירה בהנהגת פריקלס, שליט ליקיה (אנ') את מרד הסטרפים (הנציבים, מושלי הפרובינציות) באסיה הקטנה נגד האחמנים. אחרי סילוק הפרסים בידי אלכסנדר הגדול נשלטה ליקיה ברובה בידי תלמי הראשון ובנו תלמי השני אחריו. המקדש שהוקם לכבודם – פטולמאיון (Ptolémaïon) – הוא מהבולטים והמפוארים בשרידי העיר.[1] כיתר ערי הברית הליקית, קיימה לימירה את מִמשלהּ הפנימי בחסד הרומאים, שבמהלך המאה הראשונה לפני הספירה השתלטו בהדרגה על אסיה הקטנה וליקיה בכללהּ. גאיוס קיסר, נכדו המאומץ של אוגוסטוס שהיה מועמד לרשתו, מת מפצעיו בשובו בשנה 4 מהמערכה נגד הפרתים בארמניה ונקבר בלימירה. ב-43 לספירה, בימי הקיסר קלאודיוס, הפכה לימירה לחלק מהפרובינקיה הרומית אסיה. העיר המשיכה את קיומה בתקופה הרומית המאוחרת ובתקופה הביזנטית, והיא נזכרת עד המאה ה-13 כמושב בישוף,[2] אך ניטשה בהדרגה לטובת הנמל שלה – פֿיניקה.

חפירות ארכאולוגיות מסודרות נערכות בלימירה מאז 2002 בידי חוקרים מהמכון האוסטרי לארכאולוגיה ומאוניברסיטת וינה.