ההיסטוריה של הארמון מתחילה בתקופת ההשתלטות הרומאית על האזור בשנת 122. הרומאים ראו את הסלע המתנשא מעל הים התיכון כמקום אסטרטגי ובנו בנקודה הגבוהה את הנקודה השולטת על הנמל שנבנה במרגלותיו. חשיבותו של הנמל הייתה רבה למסחר עם צור וצידון ומאוחר יותר עם הפיניקים ודרכו עברו משי, שמן זית ותבלינים שונים. הסוחרים מצור הביאו לאזור זה את אמונתם באל מלקרת הידוע בפי הרומאים כ-Hercules Monoikos שנתנה את שמה מאוחר יותר למונקו.

האזור ניתן לגנואה על ידי היינריך הרביעי על מנת לשמור מפני מתקפות מאזור הפירנאים. ב-1215 החלה בניית המצודה שכללה חומות הגנה עם 4 צריחים. חומות אלו תוחמות את הארמון גם היום. המצודה נשלטה על ידי גנואה במשך כ-200 שנה בהם גנואה הייתה חלק חשוב בפוליטיקה של אירופה והייתה רפובליקה עשירה. בסוף המאה ה-13, השתלט פרנסואה גרימלדי על המצודה כאשר הוא נכנס אליה לבוש כנזיר פרנציסקני. מאז הפכה המצודה למקום מושבם של בית גרימלדי. במשך עשרות שנים עמדה המצודה במתקפות עליה כאשר בשנת 1507 החלה התקפה של 14 אלף חיילים גנואים על המצודה שהוגנה על ידי 1,500 מגינים. הגנואים לא הצליחו לכבוש את המצודה. הסכם שנעשה בין לורד מונקו לוציאן הראשון למלך ספרד הקנה למונקו את חסותו של מלך ספרד ובכך איפשר תקופה ללא קרבות שסייע בפיתוח מונקו כולה והפיכת המצודה לארמון. ב-1614 הונורה השני קיבל את התואר נסיך מונקו ובכך הפכה מונקו לנסיכות תחת מלך ספרד, והמצודה החלה לתפקד כארמונו של נסיך מונקו.