בשנת 1574 ביקר המוגול אכבר את הגורו הסיקי השלישי, גורו אמאר דאס, והעניק לו את האזור כמתנה לחתונת בתו עם מי שהיה לגורו הרביעי, גורו ראם דאס. זה העמיק את האגם הטבעי ובנה סביב לו עיירה.

ראם דאס החל בבניית המקדש ב-1588, הוא הושלם ב-1601 בימי יורשו ארג'ן דב. שלוש שנים לאחר מכן הועבר אליו הספר הסיקי הקדוש הקרוי גורו גראנת סאהיב. בעקבות פלישות שבטים אפגאנים בראשות אחמד שאה עבדאללי ניזוק המקדש, ושוקם סביב שנת 1760.

בין ה-3 וה-6 ביוני 1984, הורתה ראש ממשלת הודו, אינדירה גנדי, על מתקפה צבאית במתחם ההארימנדיר שכונתה "מבצע כוכב כחול". מתקפה זו באה לאחר השתלטות בדלנים סיקים בראשות ג'ארנייל סינג בהינדרנוואלה על המקדש ובמהלכה התלקחו קרבות ירי ונפגעו כ-300 אזרחים וחיילים. גם למתחם המקדש עצמו נגרם נזק.

סיקים רבים זעמו עד מאוד בשל הפגיעה במה שנתפס כקודש הקודשים של דתם, ותגובתם הייתה קשה: ב-31 באוקטובר 1984 נרצחה אינדירה גנדי על ידי שניים משומרי ראשה, שהיו סיקים.

לאחר הרצח החלו מהומות בהן נהרגו אנשים רבים, רבים מהם סיקים. בעיר דלהי לבדה הגיע מניין ההרוגים ללמעלה מ-2,000 איש.

ב-23 ביוני 1985 ביצעו סיקים קנאים את הפיגוע בטיסה 182 של אייר אינדיה כנקמה על חילול הקודש של המקדש. רוב ההרוגים בפיגוע היו הינדים אך היו ביניהם גם סיקים.

עם הזמן, לאחר סיום המבצע והמהומות, חזרו היחסים בין ההינדים לסיקים לנורמליזציה מסוימת, אולם נכון לשנת 2014, דווקא בבריטניה עדין נחשב הנושא לרגיש בשיח הציבורי של הסיקים[1].

^   Sir Mark Tully, ‏Operation Blue Star: How an Indian army raid on the Golden Temple ended in disaster, The Telegraph, 6 June 2014