התושבים המקוריים של האזור היו הבושמנים משבט סן (הידועים גם כבני שבט בסארווה). הם היו ציידים-לקטים נוודים שנעו ממקום למקום כדי למצוא מקורות מזון, כגון פירות, מים וחיות בר. ניתן למצוא ציורים של בני שבט סן (אנ') בגבעות הסלעיות שבפארק.

בתחילת המאה ה-20, האזור שהפך לפארק הלאומי צ'ובה היה חלק המשטחים שסווגו כקרקעות הכתר הבריטי (אנ'). בשנת 1931 נחקק חוק הפארקים הלאומיים מתוך כוונה שהפארקים הלאומיים יגנו על חיות הבר החיות בפארקים שהוכרזו ולקדם תיירות. בשנה שלאחר מכן, 24,000 קילומטרים רבועים בצפון בוטסואנה ( שבשנת 2008 נכללו בשטח מחוז צ'ובה) הוכרזו רשמית כאזור ללא ציד, ואזור זה הורחב ל־31,000 קילומטרים רבועים כעבור שנתיים.

בשנת 1943, התרחשה התפשטות נרחבת וחריגה של זבוב הצה צה בכל האזור, שעיכבה את הקמת הפארק הלאומי. בשנת 1953, הפרויקט קיבל שוב עדיפות ממשלתית: בשלב זה הוצע להקצות 11,700 קלומטרים רבועים לשמורת טבע האוסרת ציד. שמורת צ'ובה הוקמה רשמית בשנת 1960, אם כי קטנה ממה שתוכנן בתחילה. בשנת 1967 הוכרזה השמורה כגן לאומי.

באותה תקופה היו באזור כמה כפרים תעשייתיים, במיוחד בכפר סרונדלה, שהיה ידוע בתעשיית העץ שלו. כפרים אלו הועברו בהדרגה אל מחוץ לפארק, ורק בשנת 1975 היה כל המרחב המוגן חופשי מפעילות אנושית. הרחבות קלות בשטחי הפארק בוצעו בשנים 1980 ו-1987.