מבנה המוזיאון בשנת 1893

בשנת 1829, לאחר מלחמת העצמאות היוונית, הוקם באגינה המוזיאון הראשון של יוון המודרנית. לאחר קביעת אתונה כבירת יוון, החלה חיוניותו של מוזיאון מרכזי לעתיקות בעיר להתבהר. באוקטובר 1866 נוסד מבנה המוזיאון בחלקה שנתרמה על ידי אלני טוסיטסה, והבנייה החלה על פי תוכניות של האדריכלים לודוויג לאנגה ופנגי קלקוס. צורתו הסופית נקבעה על ידי האדריכל ארנסט זילר, שגם פיקח על הבנייה עד שנת 1889, בה נסתיימה בניית הכנף המערבית של המבנה. המוזיאון נחנך ב-9 באוגוסט 1893. למוזיאון הועברו ממצאים ארכאולוגיים שהיו בבעלות השירות הארכאולוגי היווני.

במהלך מלחמת העולם השנייה, הוסתרו העתיקות מהמוזיאון במבנה עצמו, בכספות של בנק יוון ובמערות טבעיות ברחבי יוון. בשנת 1948, על אף המלחמה שהתנהלה ביוון, נפתח מחדש המוזיאון ושיקומו החל[1]. מנהל המוזיאון דאז, כריסטוס קארוזוס, השתמש בפינוי המוזיאון כדי לבצע ארגון מחדש של המוצגים במוזיאון. הארגון נמשך עד שנת 1964, אז חזר המוזיאון לתפקודו הרגיל.