הכנסייה הוזכרה לראשונה ב-13 במרץ 1387 כמקום טביעתה של ספינה של ברית ערי הנזה. ביום הראשון הובאו 861 בגדים מסיפונה של הספינה לכנסייה הסמוכה. ביום שלאחר מכן הכומר בנהרט (Bernhard) הביא לכנסייה 7 חבילות נוספות של בגדים לכנסייה. מלכת דנמרק מרגרטה הראשונה קיבלה 400 חבילות מהן, ובשנת 1394 שילמה 320 נובלים כתשלום על הציוד האבוד, אף כי ערך הסחורה נאמד בכ-2,750 נובלים. הכומר שמר 7 חבילות, אך נשבע כי "בשם כבודו ככומר ידווח למלך ולמלכה מה אורך הבד שבתוכן".[1][2] הכנסייה נותרה בידי הכתר עד שנת 1459, אז הועברה לידי בית החולים (Helligåndsklostret i Aalborg) של מסדר רוח הקודש (Order of the Holy Ghost) בעיר אולבורג שבדנמרק.[1]

החל מסביבות שנת 1600 החל לכסות את הכנסייה חול שהגיע מדיונה סמוכה הקרויה רוביארג מיל (Råbjerg Mile), כשהאזור הסובב את המבנה עבר תהליך מדבור שהרס את השדות. החול קבר תחתיו גם את הכפר הסמוך (ליד סקיין),[3] והגיע לכנסייה לקראת שלהי המאה ה-18.[4] החולות קברו תחתם חלקים גדולים מחופי הים הצפוני בין 1400 ל-1800 (כולל בסקוטלנד, הולנד ודנמרק). במהלך שנות ה-90 של המאה ה-17 שני אירועים דומים של מדבור התרחשו בסקוטלנד, והתהליך בדנמרק נמשך כ-200 שנה.[3] ביום התפילה הגדול (Store bededag, חג דתי דני הנחוג ביום השישי הרביעי שלפני חג הפסחא) של שנת 1775 היה קהל המאמינים צריך לחפור לראשונה ולפנות את החול הרב שהצטבר מול דלת הכניסה לכנסייה, ומאותו יום ואילך למשך 20 השנים הבאות נאלצו המקומיים לחפור ולפנות את החול בכל פעם שבה הגיעו לתפילה או לטקס במבנה, ולא קיבלו אישור לסגור אותה. ריהוט הכנסייה וקישוטיה הפנימיים הוסרו וחלקם נמכרו. בשנת 1795 נסגרה הכנסייה לצמיתות בצו מלכותי של הכתר הדני, וגוף הכנסייה נהרס.[1] הגביע, הפמוטים והפעמון הועברו לשימוש בכנסייה החדשה שנבנתה בסקיין על ידי כריסטיאן פרדריק הנסן (Christian Frederik Hansen) ב-1841.

טקס הלוויה האחרון במקום התרחש ב-1801 או ב-1810 (לפי מקורות סותרים). לקראת סוף המאה ה-19 חפר המוזיאון הלאומי של דנמרק (Nationalmuseet), כיום בעלי המקום, וחשף חלקים מהמגדל של הכנסייה, וזה החלק היחיד הן מהכנסייה והן מהכפר הסמוך שנראה כיום ובולט בשטח.[3] החלק של הספינה הראשית מעולם לא נחפר, וההנחה היא שרצפת העץ, המזבח ואגן טבילה עדיין שרויים מתחת לחול.

הכנסייה היא אתר מורשת לאומית לשימור מאז 1937,[5] והיא אחת הכנסיות הידועות ביותר בדנמרק. הנס כריסטיאן אנדרסן כתב עליה בחיבורו "סיפור מהדיונות" (En Historie fra Klitterne).[6]