גשר ביסקאיה נחשב כאוסף של שיטות עיבוד שבבי של ברזל בחבל הבסקים. מרבצי הברזל המקומיים נכרו כבר בתקופת האימפריה הרומית; בין המאה ה-13 למאה ה-16 היה ייצוא ברזל לצרפת וארצות השפלה על ידי 300 חרשי ברזל. בשלהי המאה ה-18 הברזל הבסקי שימש למטרות חקלאיות בדרום אמריקה. בשלהי המאה ה-19 חרשי הברזל היו בשיא פעילותם בעקבות שיטות חדשניות שפותחו בזמן המהפכה התעשייתית.

מסביב למוצא הנהר איבאיזאבאל החל להתפתח מערך גדול של בתי מלאכה לברזל ובניית ספינות, ובילבאו הפכה למרכז חשוב בספרד עבור תעשייה, כרייה, מסחר בספנות וכלכלה. 12 מיליון טונות של סחורה, בעיקר עפרות ברזל ומוצריו, הועברו בכל שנה לאורך קטע בן 5 קילומטרים על הנהר אל הנמל שבחוף ביסקאיה. התעשייה התפתחה לאורך הגדה המערבית ובכיוון שפך הנהר.

לקראת סוף המאה ה-19, וככל שהאוכלוסייה גדלה, החלה בנייה של בתי מגורים על הגדה הימנית. בנייה זו גרמה לצורך באמצעי מעבר לאורך מוצא הנהר עבור האנשים שנעו בין מקום מגוריהם למקום עבודתם ועל מנת לחבר את מסילות הרכבת שעל שתי הגדות. אחת הדרישות הייתה שהגשר לא יפריע לתנועת הספינות על הנהר.

במהלך השנים הוצעו פתרונות רבים שנדחו. רוברטו דה פאלאסיו, אדריכל, הגה את הפרויקט והביא ליישומו. באמצעות חילופי מידע עם מהנדסים צרפתיים כגון גוסטב אייפל ובאמצעות עבודה עם פרדיננד ארנודין, ממציא כבלי הפלדה המלופפים שהביאו למהפכה בבניית הגשרים התלויים בזכות משקלם הנמוך, דה פאלאסיו רשם פטנט על גשר התחבורה ביחד עם ארנודין. ההצעה של דה פאלאסיו אפשרה לבנות את הגשר על אזור שטוח ללא צורך לבנות אזורים מוגבהים (רמפות) וליצור מבנה שאין צורך להרים ולהוריד אותו על מנת לאפשר את מעבר הספינות.

ערכו הסמלי של הגשר זכה להכרה בתקופת בנייתו. דה פאלאסיו אמר כי הגשר מאציל לשפך הנהר "היבט אלגנטי וגרנדיוזי" והוא הוכחה כי "בילבאו היא אזור כרייה עשיר בצורה יוצאת דופן".

הגשר נפתח לתנועה ב-16 ביוני 1893 והיה פעיל באופן רצוף מלבד התקופה של מלחמת האזרחים הספרדית. בכל שנה עוברים על הגשר כ-6 מיליון בני אדם בממוצע, ובמשך כל שעות היממה הגשר פועל כדרך אגרה. החל מ-1996 הגשר מנוהל על ידי חברה פרטית בשם Tranbordador de Vizcaya S.L.

בגשר בוצעו מספר שינויים מאז בנייתו על מנת להתאים אותו לדרישות התחבורתיות המשתנות. מאז 1999 לציבור יש גישה מלאה לגשר, ובנוסף לכך בוצעה התוכנית המקורית לבנות אזור מיוחד להולכי רגל. למעלה מ-250,000 בני אדם חצו את הגשר כהולכי רגל מאז.