האגמים היו למוקד משיכה תיירותי במאה ה-19, וכבר בשנת 1893 זכו לוועדה אשר הייתה ממונה על שימורם. ב-1896 הוקם המלון הראשון במקום. ב-1949 הלאימה המפלגה הקומוניסטית של יוגוסלביה את האזור והפכה אותו לפארק לאומי. ב-1979 זכה האזור להכלל ברשימת אתרי המורשת העולמית של אונסק"ו. האגמים הפכו במהרה לאחת מהאטרקציות הפופולריות ביותר במדינה, אך ב-1991 ארעה במקום תקרית אגמי פליטביצה שהייתה המאבק החמוש הראשון במלחמת העצמאות של קרואטיה. האזור הוחזק על ידי הרפובליקה הסרבית של קראינה עד אוגוסט 1995, מועד שבו שוחרר על ידי צבא קרואטיה במבצע סערה (Operacija Oluja). המלחמה גרמה לנזק בפארק ובמספר מבנים סביבו אשר שימשו מחנות צבאיים, ובעקבותיה הכריז אונסק"ו על האגמים כאתר בסיכון. ממשלת קרואטיה השקיעה מאמצים רבים בפינוי המוקשים מהפארק וב-1998 הסיר אונסק"ו את הפארק מקטגוריית האתרים בסיכון.