נפאטה הייתה עיר ששכנה על הגדה המערבית של הנילוס בסמוך לעיר המודרנית קוריימה. חפירות במקום גילו יישוב אנושי כבר באלף ה-3 לפנה"ס. העיר הוקמה על ידי פרעה תחותמס השלישי לרגלי ההר הקדוש ג'בל ברקל בשנת 1450 לפנה"ס לערך. בתקופה הקמתה של נפאטה ייצבה מצרים העתיקה את שלטונה באזור ויושבו בו מנהלנים, אנשי דת, חיילים, סוחרים ובעלי מלאכה. השפה המצרית הייתה בשימוש נרחב בפעולות יום יום, והאליטה המקומית אימצה את התרבות המצרית ובנתה מקדשים לאלי מצרים, כדוגמת מקדשו של אל השמש אמון לרגלי ההר הקדוש ג'בל ברקל.

 העמודים האחרונים של מקדש אמון ליד ג'בל ברקל

עד המאה ה-11 לפנה"ס נחלשה סמכות המצרים בכוש והשלטון במצרים עצמה פוצל. פיצול זה איפשר לנובים להקים את ממלכת כוש שנזכרה ברשומות כממלכה עצמאית וחזקה השולטת מהעיר נפאטה. נפאטה הייתה לבירת ממלכת כוש כבר במאה ה-9 לפנה"ס ובמאה ה-8 לפנה"ס כבר נחשבה לעיר מפותחת ועשירה. בשנת 750 לפנה"ס ניצל המלך קאשה את המשבר שפקד את מצרים ופלש למצרים העילית. יורשיו המשיכו במדיניות ההתפשטות צפונה, וכבשו לבסוף את כל עמק הנילוס. ממלכת כוש שלטה במצרים העילית משך כמאה שנים ובמצרים כולה משך 57 שנה.

המלך הכושי האחרון אשר ניסה להשתלט על מצרים היה טנטמני אשר הובס על ידי אשורבניפל מלך אשור בשנת 664 לפנה"ס. לאחר מכן, ובעוד מצרים התחתית נשלטת כולה על ידי אשור, נטשו מלכי נפאטה את שאיפות ההתפשטות שלהם, והחלו להתמקד בפיתוח ממלכתם שלהם. תקופה זו נחשבת לשיאה של ממלכת כוש ושל נפאטה בירתה. כלכלת הממלכה התבססה על כריית זהב ומסחר בו וייתכן שגם על סחר בנחושת. מצרים הייתה לשותף מסחרי חשוב של הכושים וייתכן שסחרו גם עם ממלכות נוספות במרכז אפריקה. במשך כל התקופה הזו המשיכה ממלכת כוש ושמרה על התרבות והדת המצרים, והאל החשוב ביותר בפנתאון המקומי, היה ונותר האל המצרי אמון.

בתחילת המאה ה-3 לפנה"ס החלה נפאטה שוקעת בגלל החלשות בקשרים הכלכליים עם מצרים, שכבר לא הייתה אוטונומית וריכזה את קשריה עם העולם היווני. מרואה, הבירה הכלכלית של ממלכת כוש, ששכנה כ-200 ק"מ דרומית-מזרחית לנפאטה, תפסה את מקומה של נפאטה. עושרה של מרואה בברזל הביא לבסוף לסופה של נפאטה והיא ננטשה בשנת 270 לפנה"ס לערך.