בניית הבזיליקה החלה ב-24 בנובמבר 1594 בהוראת המושל הפורטוגזי של קוצ'י והורמוז ז'רונימו דה מסקרניאס (Jeronimo de Mascarenhas). האדריכל היה ז'וליו סימאו (Júlio Simão‏; 1641-1565), האדריכל הראשי במושבות של פורטוגל בהודו מטעם פליפה השני, מלך ספרד, ועל הביצוע היה אחראי הישועי דומינגוס פרננדס (Domingos Fernandes). בנייתה הושלמה ב-15 במאי 1605 והיא נחנכה על ידי הארכיבישוף של גואה אלשיו דה מנזס (Aleixo de Menezes‏ 1617-1559). כנסייה זו היא ציון דרך בהיסטוריה של הנצרות. היא מכילה את גופתו של הקדוש פרנסיסקו חאווייר שהיה חבר קרוב של קדוש נוצרי נוסף, איגנטיוס מלויולה. יחד הם הקימו את מסדר הישועים בפריז ב-1534. חאווייר מת ב-3 בדצמבר 1552 באי שאנגצ'ואן מול חופי סין כשהמתין לשווא לקבל אישור כניסה לאימפריה הסינית. הוא נקבר זמנית באי ואחר-כך במלאקה למשך שנתיים. גופתו הועברה לגואה בפברואר 1554 ונטען כי למרות שעברו שנתיים ממותו לא היו בגופה שום סימנים לריקבון. ב-2 בדצמבר 1637 הועברה גופתו לבזיליקה מקום שבו הוא נערץ עד היום. שרידי גופתו עדיין מושכים קהל חסידים גדול (נוצרים ושאינם כאלו) מכל רחבי העולם, בייחוד כשגופתו מוצגת לראווה אחת לעשר שנים (הפעם האחרונה הייתה ב-2004). החסידים מייחסים לגופה כוחות מרפא קסומים.