A central Piazza della Cisterna

No século III a.C. no lugar de San Gimignano alzábase unha pequena aldea etrusca. Os cronistas Lupi, Coppi e Pecori relatan que durante a conspiración de Catilina contra a República Romana no século I, dous irmáns patricios, Muzio e Silvio, fuxiron de Roma cara a Valdelsa e construíron dous castelos, Mucchio e Silvia (hoxe San Gimignano). O nome de Silvia cambiou a San Gimignano no ano 450 despois de que o bispo Geminianus, o santo de Módena, interveña para evitar a destrución do castelo polos seguidores de Atila o Huno. Como resultado, dedicouse ao santo unha igrexa e nos séculos VI e VII creceu ao seu redor unha aldea amurallada, chamada posteriormente "Castelo de San Gimignano" ou Castelo do Bosque pola extensa zona boscosa que o rodea. Desde o 929 a cidade foi gobernada polos bispos de Volterra.[1]

Na Idade Media e na era do Renacemento, foi un punto de parada para os peregrinos católicos no camiño a Roma e o Vaticano, xa que se atopa na Vía Francigena medieval.[2] O desenvolvemento da cidade tamén mellorou polo comercio de produtos agrícolas dos fértiles outeiros veciños, en particular o azafrán, usado tanto para cociñar como para tinguir panos e viño Vernaccia, dise que inspiraba a papas e poetas.[3][1]

En 1199, a cidade independizouse dos bispos de Volterra e estableceu un podestà, que empezou a enriquecer a comuna con igrexas e edificios públicos. Porén, a paz da cidade viuse perturbada durante os dous séculos seguintes polo conflito entre güelfos e xibelinos, e as rivalidades familiares dentro de San Gimignano.[1] Isto deu lugar a que as familias rivais construísen casas torre de alturas cada vez máis grandes. Cara a finais do período medieval, había 72 casas torre, de ata 70 metros de altura. A rivalidade finalmente limitouse cando o consello local ordenou que ningunha torre fose máis alta que a adxacente ao Palazzo Comunale.[4]

Aínda que o patrón oficial é San Gimignano, a cidade tamén honra a Serafina de San Gimignano Fina, coñecida tamén como Seraphina e Serafina, que naceu en San Ximignano en 1238 e cuxo día da festa é o 12 de marzo. A Capela de Santa Fina da Colexiata alberga o seu santuario e os frescos de Ghirlandaio.[5] A casa que dise que era o seu fogar aínda permanece na cidade.

O 8 de maio de 1300, San Gimignano acolleu a Dante Alighieri no seu papel de embaixador da Liga Güelfa na Toscana.[2]

A cidade floreceu ata 1348, cando foi golpeada pola Peste Negra que afectou a toda Europa, e preto da metade da poboación morreu.[1] A cidade someteuse ao goberno de Florencia. Inicialmente, construíronse algúns palacios góticos ao estilo florentino, e moitas das torres foron reducidas á altura das casas.[1] Houbo pouco desenvolvemento posterior, e San Gimignano mantívo conservado o seu estado medieval ata o século XIX, cando comeza a recoñecerse a súa condición de recurso turístico e artístico.