A historia da capela comeza en 1241 cando foron levadas dende Siria e Constantinopla deica Francia, a coroa de espiños, parte da cruz, o ferro da lanza, a esponxa e outras reliquias do martirio de Xesús Cristo, que foran adquiridas polo rei Luís IX a Balduíno II, último emperador latino de Constantinopla. O rei francés acudiu a recibir estas sagradas reliquias e el mesmo entrou en París con elas, descalzo, depositándoas de xeito provisional na capela de San Nicolás do seu palacio, até que se construíse unha capela digna das reliquias. A Sainte Chapelle iniciouse probabelmente en 1241 e foi consagrada en 1248.

Grazas a un privilexio ligado á coroa de Francia, o clero da capela non dependía do bispo nin da parroquia no perímetro da cal a casa do Concello (Conciergerie) da Cité se sitúa, é dicir a parroquia de San Bertomeu. Para que esta exención non fose rexeitada polo bispo de París, este non foi convidado á cerimonia de consagración, que foi presidida polo legado apostólico e mailo arcebispo de Reims. En 1273, o Papa une oficialmente o clero da Santa Capela á Santa Sé.