A pintura foi traída da Italia para Francia polo propio Leonardo en 1516, cando foi convidado polo rei Francisco I de Francia para traballar na súa corte. Francisco comprou a pintura, que pasou a exhibirse en Fontainebleau e despois no Palacio de Versailles. Após a revolución francesa, o cadro foi levado para o Museo do Louvre. O emperador Napoleón Bonaparte era un apaixonado polo cadro e mandou colocalo nos seus apousentos. Durante as guerras coa Prusia, a Mona Lisa, xunto a outras pezas da colección do Museo, foi escondida nun lugar seguro.

O 22 de agosto de 1911 a Mona Lisa foi roubada. O poeta francés Guillaume Apollinaire foi preso e posto na cadea baixo sospeita do roubo o 7 de setembro. Pablo Picasso foi preso para un interrogatorio, mais ambos foron liberados máis tarde. Acreditouse entón que a pintura estaba perdida para sempre, pero o certo é que todo foi moito máis simple. O empregado do Louvre Vincenzo Peruggia, acreditando que a pintura pertencía á Italia e non debía ser mantida na Francia, roubouna simplemente levándoa escondida debaixo da roupa para fóra do museo. O cadro foi recuperado cando Peruggia intentou vendelo a un negociante de arte de Florencia. A Mona Lisa foi despois exhibida en varios museos italianos e retornou ao Louvre en 1913. Durante a primeira e a segunda guerra mundial a pintura foi outra vez removida do Louvre e almacenada nun lugar seguro.

En 1956, a parte inferior da pintura foi severamente danada despois dun ataque con ácido. Varios meses máis tarde, a pintura foi novamente obxecto dun atentado, desta vez por un individuo que lle tirou unha pedra. Desde entón, o cadro encóntrase protexido por un vidro de seguridade. En 1962, a pintura foi emprestada aos Estados Unidos e exhibida en Nova York e Washington. Antes desta viaxe, a pintura foi asegurada en cerca de 100 millóns de dólares americanos, o que lle mereceu unha mención no Guinness Book of Records como o obxecto mais valioso de sempre.[1] [1]. Este valor só foi superado recentemente (4 de maio polo cadro de Picasso Garçon à la pipe vendido por 104,1 millóns de dólares. A Mona Lisa saíu do Louvre unha vez máis, en 1974, nunha xira que incluíu Toquio e Moscova.