Fundouse en 1867 por Real Decreto de Isabel II. A súa creación estivo motivada pola necesidade de dispor dun museo onde, do mesmo xeito que nos restantes países europeos, puidesen conservarse, clasificar e expor os materiais arqueolóxicos, etnográficos, de artes decorativas e numismáticas que reuniran os monarcas españois na Real Biblioteca, no Real Gabinete de Historia Natural e noutras institucións.

Desde 1999 o director é designado polo ministerio a cargo de asuntos culturais (no 2007, é o Ministerio de Cultura), a proposta do Director Xeral de Belas Artes e Bens Culturais.

 

Praza de Colón.

A primeira sede foi provisoria: un antigo palacete da rúa de Embaixadores chamado o Casino da Raíña, que pertencera a Isabel de Bragança, esposa de Fernando VII.

En 1895, os seus fondos foron trasladados definitivamente ao Palacio de Biblioteca e Museos.

O edificio ocupaba os terreos dunha antiga leira coñecida como a horta de San Filipe Neri. Empezouse a construír en 1866 sobre os planos de Francisco Jareño e Alarcón, pero as obras non concluíron ata 1892, baixo a dirección de Antonio Ruiz de Salces. O edificio, de estilo neoclásico, é de planta rectangular, con catro grandes patios interiores. A fachada que dá á rúa de Serrano presenta unha portada con columnas dóricas na entrada e unha columnata xónica da balconada no piso superior. No xardín de acceso atópase a reprodución da cova de Altamira.