Rúa encalada do núcleo principal de Mojácar.

Mojácar debeu estar habitado dende a antigüidade. Sospéitase de poboamentos da Idade de Bronce, así como fenicios e cartaxineses, e téñense probas de asentamentos gregos co nome de Murgis-Acra, que sería latinizado en Moxacar (e de aí o español actual Mojácar).

Mojácar, pertencente á provincia árabe de Almería, quedou no século VIII baixo o dominio do califato de Damasco e logo baixo o de Córdoba, co que Mojácar experimentou un forte desenvolvemento. Coa coroación de Mohamed I de Córdoba no reino de Granada Mojácar foi incorporado ao sultanato de Nasrid, e converteuse nunha das prazas fortes na defensa do reino árabe fronte aos ataques dos cristiáns do norte. Estes combates produciron un masacre na poboación civil en 1435 e a derrota e rendición final o 10 de xuño de 1488. O pacto de convivencia entre mouriscos, xudeus e cristiáns produciu un novo desenvolvemento da poboación, que chegou a ter uns 10.000 habitantes no século XVIII.

A seca e a emigración provocaron un retroceso económico e demográfico no século XIX, do que só se recuperou a poboación coa chegada de turistas e residentes europeos na segunda metade do século XX, pero particularmente a partir dos anos oitenta. En Mojácar está a sede da Fundación Valparaíso, un centro para a creación e a difusión de arte, onde se reúnen distintos artistas europeos.