Lápida nestoriana con inscricións en uigur atopada en Issyk-Kul, datada en 1312

O lago Issyk-Kul era unha parada da ruta da seda que unía extremo oriente e Europa. O lago foi propiedade da dinastía Qing da China e posteriormente cedido a Rusia xunto que territorio circundante tralo tratado de Tarbagatai. Moitos historiadores cren que o lago foi o punto de orixe da peste negra que asolou Europa e Asia a principios e mediados do século XIV.[1]

Segundo un mapa medieval empregado por mercadores venecianos da ruta da seda, na beira nordeste do lago existía un mosteiro armenio do século XIV.

O nivel do lago é 8 metros máis alto que na Idade Media. En 2007, unha expedición atopou baixo as súas augas restos dunha cidade duns 2500 anos de antigüidade.[2][3]

En 1916 o mosteiro de Issyk-Kul foi atacado por rebeldes kirguiz que asasinaro sete monxes.[4]

Durante a época soviética, a súas augas, cunha salinidade comparable á do océano, serviron como base secreta de experimentación con torpedos.[5]